一、提高资源组织能力，充分利用外部资源，实现各种要素的聚集、优化和升值
作为一种特殊形式的中介机构，科技孵化器的基本任务是为被孵化企业提供各种外部资源的服务。被孵化企业对外部资源的需求一般应包括：
1、创业支持：包括企业创办手续服务、基础条件的提供等；
2、咨询与培训：包括政策、财务、税务、人事管理的咨询及相应的培训等；
3、要素资源服务：包括人才、技术、产品、资金和市场协作网的建立和有效服务；
4、信息化服务：包括建立数字化网络平台、提供网上培训、展示、电子商务服务等。
孵化器要进行服务方式的创新，引入社会力量为孵化器及其在孵企业提供服务，推进孵化服务的社会化。孵化器要发挥自己的优势，对于自身没有优势的服务项目，要充分发挥和借助社会机构的力量，引入专业化的服务；要探索有偿服务的方式和方法，通过有偿孵化服务促使孵化器提高服务质量和服务效率，使在孵企业能获得水平和质量不断提高的个性化孵化服务。
二、建立和完善科技孵化器公共技术服务平台
创业企业一般不具备购置大中型仪器设备和开发工具的能力，缺少公共技术开发和技术服务平台已经成为制约创业企业技术创新水平提高和创新能力完善的障碍之一。
1、孵化器要把建立和完善公共技术服务平台纳入孵化器基本建设内容，逐步建立包括公共实验室、中试车间、大型通用仪器和通用测试平台在内的技术创新和孵化条件；
2、要强化产学研合作机制，通过与周边相关的科研单位，大专院校建立制度化的技术支持网络系统，帮助被孵化企业解决相关的技术问题；
3、要结合各地区的产业和技术资源优势，大力发展各种类型的专业孵化器，要在建立生物、软件和IC设计等专业孵化器的基础上，提供专业化技术服务设施和条件。
三、拓宽和健全融资渠道，着力填补市场空白
资金短缺是很多企业发展面临的突出问题。科技孵化器要针对科技型中小企业资金需求的特点，重点解决市场化融资中的“空白”和“瓶颈”。
1、要切实发挥政府资助的作用
一是中央和地方政府的各类专项资金要把资助动机更多地转向商业性资本不敢或不愿意投入的方面，多一些“雪中送炭”，少一些“锦上添花”；二是要把目前的奖励性资助为主的方式转移到风险补偿为主的资助方式上来，把政府资助作为引子和补偿金，通过降低社会资本进入的风险，引导各类投资和金融机构增加对孵化企业的资本投入。
2、科技孵化器要成为融资的“媒介”
科技孵化器不仅要建立自身的孵化基金，更重要的是在吸引外部资金方面起到媒介的作用。对被孵化企业而言，孵化器要针对企业的发展状况，指导企业有效地利用各种融资渠道；对资金的供给方面而言，孵化器应通过自身的良好信誉和判断能力，为投资者提供客观的咨询意见，促进和提高融资的成功率。
四、建立多层次科技孵化载体，提高孵化速度和成功率
近年来，尽管科技孵化器的数量和面积每年都呈大幅上升的趋势，但依然不能满足需求，重要的原因之一是企业的孵化周期延长；而另一方面，如何衡量孵化成功也是实际操作中难以把握的尺度。笔者认为，具备孵化毕业条件的企业至少要在经费上实现了较为稳定的现金流，具备进行规模化生产的资金和物质条件。而实际上要达到这些条件，对大部分被孵化企业来说至少需要 3 ～ 5 年的时间。同时，随着企业的成长，适合于初创期企业的孵化条件已难于满足成长期企业的需求。因此，需要根据企业成长的不同阶段，建立多层次孵化载体：
1 、项目和企业初级科技孵化 —— 培育能独立参与市场竞争的小企业；
2 、小企业的加速孵化 —— 培育具有一定竞争力的、比较规范的现代企业；
3 、企业的海外孵化 —— 培育以跨国经营为目标的企业。
当前，特别需要通过建立和完善加速孵化和海外孵化这两个层面的孵化器工作，提高被孵化企业参与竞争的适应和生存能力。
五、明确功能定位，完善运营机制
一般而言，科技企业孵化器以培育科技型企业和企业家作为自身的主要目标，同时还有促进高新技术产业的发展和创造新的就业机会的使命。因此，孵化器具有承担社会公共利益的责任。尽管目前也有一些以营利为目的的商业性孵化器，但其运行模式决定了不可能完全替代与其相对应的政策性（或称非营利性）孵化器的功能，政策性孵化器在相当长一段时间将成为中国孵化器的主流形式。笔者认为，办好政策性孵化器，需要正确处理好以下几个关系：
1．政府与孵化器的关系
政策性孵化器承担的社会公共利益的责任实质上是政府管理职能的延伸，而孵化器又是独立于政府的社会经济组织。因此，政府应通过政策和法规对孵化器进行间接的调控来实现管理的职能；而以政府投资为主体的政策性孵化器有责任传导政府的意图，执行政府的政策和法规。
2．政策性功能和市场化运作的关系
政策性孵化器在实现政策性功能的同时也必须实现财务上的收支平衡，所以政策性孵化器必须运用市场化手段来提高资源的配置效率，通过市场化运作提高资源配置的有效性、合理性，并以此约束自身提高服务质量。必须指出的是，追求过高的经营利润将会提高创业者的成本，而大幅度的减免收费对创业企业的成长并非真正有利。
3．社会公共利益最大化与利润最大化的关系
孵化器获取经济效益的目的不在于体现投资的回报，而是有利于孵化器的良性循环。因此，降低运营成本，保持低的赢利水平就应当成为政策性孵化器的基本经营理念。政策性孵化器必须兼顾经济效益和社会效益，近期利益和远期利益，局部利益和整体利益。
特别值得注意的是，目前一部分孵化器为体现“形象”，硬件建设出现“豪华化”的倾向，这不仅不利于孵化器自身的良性发展，同时会对创业企业产生诸多的不利影响。因此，在确保创业企业获得到有效服务的前提下，实现孵化器自身合理的利润将是实现社会公共利益最大化的关键。
总之，政策性孵化器应当是以政府投资为主体、以社会公共利益为已任，以市场化方式运作，能够实现财务平衡的社会经济组织。
