目前，院内设有医疗系、药学系、麻醉系，儿科专业、精神心理卫生专业、眼耳鼻喉科专业，共有 24个教研室；设有湖北省神经精神疾病研究所、湖北省儿科疾病研究所 和武汉大学心血管病研究所、武汉大学消化与肝病研究所、武汉大学泌尿系病研究所、武汉大学眼科研究所、武汉大学耳鼻喉-头颈外科研究所和武汉大学人民医院妇科、听力与嗓音、运动与康复、生物医学工程和临床药学等9个研究室；内科、外科、耳鼻喉-头颈外科、检验、肿瘤学等许多学科为国务院学位委员会评定的博中州迟士学位授予点，各个临床学科均为硕士学位授予点。拥有国家人事部设立的迹森临床医学博士后流动站，内科、外科等为湖北省级重点学科。心血管内科、消化内科、神经内科、精神科为国家药品临床研究基地。心血管内科为国家211工程建设学科。临床病毒实验室为武汉大学国家重点实验室的组成部分，中药药剂实卖李验室为国家中医药重点实验室。
教学和科研区位于原张之洞两湖书院及中央军事政治学校（黄埔军校）武汉分校旧址。每年承担武汉大学医学院和药学院 的后期教学任务，1200余名本科生、500余名博士生、硕士生、留学生和600名进修生在这里学习与生活。
