水污染综合防治是指从整体出发，综合运用各种措施，对水环境污染进行防治。实施水污染综合防治是十分必要的，因为中国是一个水资源比较缺乏的国家，并且表现为两种：其一是资源型缺水，其二是水质型缺水。长期以来以点源治理为基础的排污口净化处理，不能有效地解决水污染问题，必须从区域和水系的整体出发进行水污染综合防治，才能从根本上控制水污染，解决水质型缺水的问题。
(1) 水污染综合防治的基本原则
1) 转变经济增长方式，提高资源利用率与水污染治理相结合
从“人类枣环境”系统的关系和“经济枣环境”系统的关系来看，人类的发展活动、特别是经济再生产过程是矛盾的主要方面。人类生态系统中水循环有两个方面，一是自然水循环，另外一个是社会用水循环（工农业生产用水和生活用水），在水循环过程中要保证安全用水界限，并尽可能不降低水的质量，就只有对经济再生产过程进行调节和控制，包括转变经济增长方式，调整经济结构、特别是要调整工业结构和改善工业布局，以及推行清洁生产等。当前调控手段和方法还很难做到完全不产生污染、不排放污染物，所以还需要有污染治理措施，两者相结合。
2) 合理利用环境的自净能力与人为措施相结合
排海工程、排江工程、优化排污口的分布都是合理利用水环境自净能力的措施。但要从整体出发进行系统分析，土地处理系统、排江、排海工程、一级和二级污水处理、氧化塘等各种措施要优化组合。
3) 污染源分散治理与区域污染集中控制相结合
污水综合排放标准规定的第一类污染物必须由污染源分散治理达标排放，对于小型工业企业可以采取污染治理社会化的方法来解决。对于其他的污染物应当以集中控制为主，提高污染治理效益，将两者结合起来。
4) 生态工程与环境工程相结合
利用生物治理技术，设计合理的工业链和合理的工业用水循环等都是有效的生态工程。但要与环境工程相结合才能发挥更大的作用。
5) 技术措施要与管理措施相结合
在规划、评价的基础上选定技术方案可以避免盲目性；技术方案实施后只有加强管理，才能使技术措施正常运行，获得良好的效益。
(2) 水污染综合防治的主要对策
我国水污染综合防治的主要对策如下：
1) 对水环境进行合理的功能分区
水环境功能分区是进行水污染综合防治的依据。根据水环境的现行功能和经济、社会发展的需要，依据地面水环境质量标准进行水环境功能区划，是水源保护和水污染控制的依据。例如，地面水环境质量标准将水域按功能分为五类：I类主要适用于源头水，国家级自然保护区；Ⅱ类主要适用于集中式生活饮用水水源地一级保护区，珍贵鱼类保护区、鱼虾产卵场等；Ⅲ类主要是用于集中式生活饮用水水源地二级保护区，一般鱼类保护区及游泳区；Ⅳ类主要适用于一般工业用水以及人体非直接接触的娱乐用水区；Ⅴ类主要适用于农业用水区以及一般景观要求水域。
按功能区控制污染，保护水资源。首先，按照水域功能划定保护级别，提出控制水污染的要求。例如：对特别保护水域，是国家《地面水环境质量标准》（GB3838—88）中的Ⅰ、Ⅱ类水域，不得新建排污口，现有的排污单位由地方环境部门从严控制，以保证受纳水体水质符合规定用途的水质标准。其次，按照功能区实行总量控制。所谓总量控制是指为了保持某环境功能区的环境目标值，所能容许的某种污染最大排放量。所以，水环境功能区划是实施水污染总量控制的依据。
2) 制定水污染综合防治规划
水污染综合防治的主要内容和制定工作步骤如下:
在水环境调查评价的基础上，分析确定水环境的主要问题。
划分谁污染控制单元。根据水环境问题分析结论，考虑行政区划、水域特征、污染源分布特点，将污染源所在区域与受纳水域划分为一个水污染控制单元。
提出环境目标，进行可达行论证。环境目标要由主要污染物总量控制目标和水环境综合整治各分项具体目标。
确定取样污染物消减量，以及消减比例分配方案。
制定水污染综合防治规划及实施方案。
实施规划的支持和保证。包括：资金来源分析、年度计划的制定、实施排污申报登记和排污许可证制度的建议方案，以及必要的技术支持等。
制定水污染综合防治规划必须坚持下列的几项原则：
以经济建设为中心，有利于促进经济与环境协调发展。
以合理开发利用水资源为核心，着力于全过程控制。通过转变经济增长方式，推行清洁生产，把污染消除在经济再生产过程中。
全面规划、突出重点，因地制宜、讲求实效。
坚持综合整治的原则。对规划方案要进行系统的分析，达到整体优化。
3) 实行排污许可证制度, 对主要污染源逐步由浓度控制向总量控制过渡
在推行排污许可证制度时，一定要结合中国目前的技术水平与管理体制，遵循下列5点要求：
从实际出发确定总量控制目标。当排放污染物的受纳水体的环境容量难以确定时，可以根据国家环保局1995年12月提出的总量控制方案所确定的原则，以1995年主要水污染物的排放总量作为一个目标总量，按所在地区的实际技术经济水平，确定消减比例，分配到主要污染源。
选好发证对象。发放许可证的对象主要是本地区的污染大户，一个城市抓十几户或者几十户即可。要经过污染源调查评价，选好控制重点。
控制污水总量，因地制宜进行计量。
强化发证后的环境监督管理。
重视实践经验不断提高水平。实行排污许可证制度，要先进行试点，总结经验，逐步推广。但也应当注意研究实施过程中出现的新问题，如排污指标有偿转让、排污权交易等。
4) 加强乡镇企业的水污染综合防治
我国乡镇企业分布广、与农业生态系统交错在一起，对耕地和河流的支流(或者河网)已构成严重威胁，必须尽快进行综合治理。其防治对策如下：
首先，按产业政策调整产业结构和产品结构，使污染型企业所占比例下降到15％以下，取缔“十五小”企业。
其次，乡镇企业要合理布局，与农业生态系统组合成良性循环的复合生态系统。
其三，对现有乡镇企业污染源要严加控制。
