食刺身时山葵酱要适量，太多只会抢走刺身的原味。由于伴碟里面的菊花、白萝卜丝、紫苏等不只是为了美观，故可用手将菊花瓣撕碎之后放在酱油里，那样可使酱油香一点。
部分刺身也需要稍作加热处理，例如蒸煮：大型的海螃蟹就用此法；炭火烘烤：将鲔鱼腹肉经炭火略为烘烤（鱼腹油脂经过烘烤而散发出香味），再浸入冰中，取出切片而成；
如果是夹着白萝卜丝与刺身同吃，不仅可令口感爽一些，而且还可消除刺身的腥味并帮助消化。因为紫苏具杀菌作用，所以可用来包着刺身吃，像包海胆吃的配搭就很好。吃刺身的同时，最好饮冰镇的日本清酒或冰镇的啤酒；另外，享用刺身时不可抽烟，因为烟味会影响到进餐者的嗅觉与味觉。
佐料
刺身的佐料大致有这样几种：酱油，山葵泥（浅绿色，类似芥末，日语称为wasabi），醋，姜末，萝卜泥，酒（一种“煎酒”）。在食用动物性刺身时，前二者几乎是必备的，后数者则视乎地区不同以及各人爱好和食肆特色增减。酒和醋在古代则几乎是必需的。有的地方在食用鲣鱼（katsuo）时使用一种调入芥末/芥子泥的酱油。在食用鲤鱼、鲫鱼、鲇鱼（ayu）时放入芥子泥、醋和日本黄酱（miso，汉字“味噌”）,甚至还有辣椒末。
山葵又名绿芥末、青芥辣，取名绿芥末正是有意要与中国传统的黄芥末区别开。虽然两者都有类似的冲和辣，但却来自不同的植物。黄芥末是植物的种子，山葵则是植物的根。山葵用日语写作“わさび”。山葵含有烯丙基异硫氰酸化合物，也就是其独特的香味和充满刺激辣呛味的来源，它能除去鱼的腥异味，并有杀菌消毒、促进消化、增进食欲的作用。山葵的栽培很讲究，它生长在山谷的溪水田里，并且必须是朝北的山谷，不能有直射阳光。那里的环境还不能有丝毫的污染，否则山葵难以成活。山葵的生长周期很长，一般要四年才可以收获。为了不损伤山葵枝，摘取时必须用手去完成。山葵的枝丫和叶子，都是做芥末酱的用料。
山葵酱有膏状、粉状和泥状三种。泥状的山葵酱来自于现磨山葵，是将新鲜山葵洗净后，用细眼刨茸器刮擦成茸，或以鲨鱼皮作砂皮，磨擦成茸，这泥状的口味最好。泥状的山葵酱可以捏塑各种形状，如秋叶形、心形等，然后放在生鱼片旁边，除了起调味作用以外，还能起点缀、衬托的作用，增加美感。粉状的山葵酱要先用水调和以后才能使用，粉和水的比例为1∶2。调和均匀以后，还应当静放2至3分钟，以便其刺激的辣呛味和独特的风味产生。不过调好后应当尽快使用，否则辣冲味会挥发。膏状的山葵酱是成品，像牙膏一样，用时挤出即可。
山葵酱在使用时，总是与酱油为伴的。山葵酱提供刺激味，解除生料的腥异味；酱油则提供咸味、鲜味，调和整体的美味。酱油有许多品种，从大类上说，有酿造的和人工化学合成的；从口味上说，有浓有淡，颜色也是有深有浅。日本酱油有浓口和淡口之分如同中国酱油有生抽和老抽的之别。因此，我们在将其与刺身搭配时，最好根据所用原料及客人的口味偏爱而定。刺身原料厚的、大的，酱油就应浓厚一些，反之，酱油则可淡一些。
