1.如果可以替代劳动合同，则你可以主张该协议因违反了法律的强制性规定而无效——《劳动合同法》规定社保是劳动合同的必备条款；不给加班费违法，加班费应是平时工资的至少1.5倍，双休日2倍，法定节假日3倍。
如果不可以替代劳动合同，则你可以主张公司支付因未签订劳动合同期间的双倍工资。
2.这个不必担心，如果公司主张已经为你缴纳了社保，则举证责任在于公司。如果公司拿不出证据，则有义务为你缴纳。你可以把自行补缴的单据作为缴纳数额的证明，以此为据索赔。
3.仲裁我不清楚，但如果是在法院起诉，如果有证据证明公司持有证据无正当理由拒不提供，且如果你主张这份考勤记录不利于公司，可以推定你的主张（是否加班，加了多少天班）成立。——详见《证据规定》75
