1、社会科学方法论与自然科学方法论的共通性：
由于研究对象迥异，研究方法也很不相同，长期以来，社会科学与自然科学形成了各自相对独立的体系。但这并不意味着，社会科学与自然科学是格格不入的，也不意味着二者的方法论毫无共通之处。相反，自然科学在20世纪的突飞猛进，它所取得的许多划时代成就，既大大地促进了技术的发展，也发展了许多行之有效的研究方法，极大地丰富了科学方法之武库。
从科学方法论的发生和演进来看，社会科学方法论和自然科学方法论在历史的沃野上曾经合一，经过后来的分流，在新的历史条件下，又呈现交叉、奔流的趋势。在社会科学和自然科学混沌未分之时，社会科学方法论和自然科学方法论并无明确的区分，学科的整体性也决定了科学方法论的一体性。在社会科学和自然科学分离之后，自然科学方法论获得了长足进步，社会科学方法论虽然在对经验材料的自我组织和理论的自我改进机制等方面不如自然科学方法论，但也毕竟有了专门的考察，并借鉴、移植了某些自然科学方法。随着科学方法论的整体发展，社会科学方法论与自然科学方法论之间的鸿沟逐渐缩小，二者之间出现了更多的结合点、互通圈和渗透渠道，其间的联系甚至一体化的趋势明显增强。 从不同层次的科学方法论之间的关系来看，社会科学方法论和自然科学方法论都在很大程度上接受一般科学方法论的指导。
在整个科学方法论的体系中，对于低一层次的社会科学具体学科方法论和自然科学具体学科方法论来说，社会科学方法论和自然科学方法论显然都具有普遍性，对于各种具体科学的研究都具有一般性的指导意义。但是，相对于更高层次的一般科学方法论而言，社会科学方法论和自然科学方法论都只是适用于特殊大类领域的科学方法论。在一般科学方法论中，本来是无所谓社会科学方法论和自然科学方法论之分的，只是在应用于两大领域之后，经过两大领域的再创造，才分别成为各具特色的两大领域科学方法论。
此外，社会科学方法论和自然科学方法论具有不少共同的科学方法。例如，科学理论的发现方法、检验方法和发展方法，在这两大门类科学方法论中都占有非常重要的地位。张巨青教授在《科学方法论究竟研究什么?》一文中，对科学理论的发现方法、检验方法和发展方法作了专门研究1。以科学理论的发现方法为 例，首先，理论发现过程的起点是问题，而终点则是找到能够解答问题的理论。任何科学发现都是通过比较、分析、综合、概括、类比、想象、抽象等等手段来实现的；其次，寻求答案的这些手段都存在着合理性、有效性问题。科学方法论的研究应当使科学发现更 加合理、更为有效。科学发现的机遇性并不排斥其合理性，发现的 方法是关于解答问题的手段和模型的理论，是启发方法的理论。 简言之，在科学理论的发现方法、检验方法和发展方法方面，社会科学方法论和自然科学方法论虽然具有不同的对象、内容，但是，在方法论的基本要素、原则和功能上却有着相似性和共同性。
在当代，不同科学领域中研究方法之汇合乃大势所趋，在社会科学中亟待突破的难点上，鼓励向自然科学学习，根据社会科学的独特性，有条件地采用行之有效的自然科学方法，是很有益处的；同时，社会科学中研究方法的进一步发展，也会使自然科学受益。
2、社会科学方法论与自然科学方法论的差异性：
社会科学方法论与自然科学方法论之间有着不少相似和共通之处，这并不意味着它只是自然科学方法论的复制品。相反，由于研究对象、研究性质和研究特点的不同，社会科学方法论有着自己的独特性，它与自然科学方法论之间还存在许多差异甚至原则性的区别。
社会科学方法论区别于自然科学方法论的最为显著的特点，在于它带有更为强烈的主体性。社会科学与人的关系十分密切，人的思想观念、思维方式、行为方式和人的理性、文化素养、价值观、经验、心理、气质，以至性格、情感对社会科学方法论的作用非常明显。在科学研究中，鉴于自然科学家一般不是他(她)所正研究的现象的参与者，而社会科学家则是，研究人员经常油然而生如下疑问：社会科学研究究竟是否能以与自然科学相同的方法来进行呢?美国学者贝利指出：“关于自然科学与社会科学之间的区别的争论，中心是围绕方法论(methodology)，而不是围绕方法(method)。”2在他看来人们一般认为，自然科学的方法论通常比社会科学的方法论更为严密和精致一些，但情况并不总是如此例如，自然科学在陈述变数之间的关系上比社会科学精确得多，通常以数学方程式的形式出现，社会科学家则常常以能够证明两个变敷之间存在着关系为满足，而对关系的性质就一言不发了。贝利强调：“进而言之，自然科学家的方法论虽然最终以公式来表达，这比社会学家的方法论更多定量，更为精确，但这一事实并不一定意味着前者的阐释是更高明的。事实上，有些社会学家感到，定量的阐释是人造的，容易使社会现象抹煞人性，至少使之过于简单化。这些研究人员感到，通过与研究对象的相互作用或通过分享其经验，可获得更有感情的理解，这会获得比通过数学方式获得的逻辑上更严谨的解释更令人满意的解释。”
在社会科学研究中，这种交感的或共鸣的理解，与自然科学研究方法的区别是非常显著的。德国社会学家韦伯曾将对这种“交感神人的运用称作理解法(The method of verstehen)。正如马丁代尔(Martindale)所指出：“在行为达到合理的程度时(在逻辑的或科学的意义上，按照逻辑的或科学的标准)，它是无需费力便可直接理解的。此外，神人的理解„„是大有助于解释行为的。一个人并不是必须当过凯撒才能了解凯撒的。”
就社会科学方法论和自然科学方法论的某些共有方法如实验方法而言，其地位和作用也有着很大的区别。一般来说，实验方法论(包括归纳方法论)、概念方法论和逻辑方法论(包括狭义的逻辑方法论和数学方法论)构成了自然科学方法论的三大支柱。实验方法论有利于简化和纯化有关因素，它曾极大地促进了自然科学的独立和发展。概念方法论在自然科学方法论中的地位日显突出，从波普尔开始，科学发现方法论作为一种概念方法论出现，日渐受到重视。不过，即使是在当代自然科学发展时期，实验方法在自然科学中的地位和作用仍然不可低估。相比之下，在社会科学方法论中，实验方法的重要性则没有得到充分显示。尽管社会科学的现代化要求实验方法的渗透和介入，尽管电子计算机、录音录像设备等已经在现代社会科学研究中广泛使用，但是，从总体上来看，现有社会科学研究距整体运用实验手段和实验方法还有相当距离，社会科学究竟应当如何运用实验方法，或者说，如何形成社会科学适用的“社会科学实验方法”，还有待于艰苦的探索和创新性的实践；与自然科学研究早已广泛、有效地运用实验方法形成鲜明对照的是，社会科学如何通过实验方法等来提高自己的理论构造性、清晰性和预见性，迄今还仍然是一大难题。
社会科学方法论和自然科学方法论的差异和个性，决定了二者在相互借鉴、移植时要注意方法论的“再创造”。对于社会科学方法论来说，无论是移植、借鉴自然科学在长期发展中形成的研究程序和论证方式的规范，还是移植和借鉴自然科学研究中的，辅助手段与工具，都有必要进行再创造，赋予它们适合本领域性质与特点的新的含义。
