TV版第1-24话为姬矢准篇，第25话进行一次转折，第26-36话为千树怜篇，第37话是最终集，第38话是特别篇（剧情位于第31话和第32话之间）。
1、姬矢准篇：
故事发生于电影《ULTRAMAN》（又译《奈克斯特·奥特曼》）的5年后。THE ONE的碎片散到世界各地，化成不同的异生兽。为了应付异生兽，人类成立了TLT与之对抗。
孤门一辉是TLT的新成员，正当孤门前往TLT的基地时，他遇上了异生兽袭击，幸好有奈克赛斯·奥特曼相救，这便是孤门与奈克赛斯的初次邂逅。
当孤门正式上阵的时候，再次遇上奈克赛斯，但西条风副队长却认为他是异生兽，对他展开了攻击，且亦得到预知者优的认同，孤门对于这个举动感到不解，对工作感到迷失。
随后，异生兽们竟学会了进化，变得相当巨大，奈克赛斯便变成红色成年形态，并展开亚空间“美塔领域”进行战斗，这个空间就连夜袭队的铬金切斯特战机也不能进入。就在世人一无所知的情况下，奈克赛斯把异生兽消灭。
在一次战斗中，奈克赛斯腿部受伤，变回姬矢准后更受到西条及孤门的追捕，孤门见姬矢伤势便知道他是奈克赛斯。这时姬矢只好召唤适能者专用的飞行物体逃走，而孤门在触碰飞行物体时感到了姬矢准的过去充满悲伤。
2、黑暗浮士德出场
这次姬矢准又再次看到异生兽出现，正想变身之时竟遇到一个黑暗巨人袭击。这黑暗巨人不但与奈克赛斯奥特曼能力相同，还能轻松化解美塔领域，变成黑暗领域，令奈克赛斯陷入苦战之中。这黑暗巨人正是黑暗浮士德。
此时夜袭队开发出突击合体的阵式，铬金切斯特战机合体成为强击切斯特便可突入“美塔领域”。对于奈克赛斯奥特曼而言可谓多了一个可靠的战友。
一天孤门去到女友斋田莉子家中，竟发现空无一物，而且荒废甚久，孤门觉得情况有异。追查下竟发现莉子与家人已在半年前车祸中死去。
原来莉子被某人赐予了重生的力量，但其实只是变成一个傀儡，她会在不自觉的情况下变成黑暗浮士德。奈克赛斯与黑暗浮士德展开最终决战时，异生兽的利爪几乎击中孤门时，莉子突然觉醒过来，为孤门挡了这一击，黑暗浮士德顿时鲜血狂喷。
当孤门回到真实空间时，莉子已经处于濒死状态，无奈的孤门只能抱着她、看着她化成光消失于眼前。
3、黑暗梅菲斯特出场
浮士德事件的幕后黑手正是前TLT的副队长——沟吕木真也。数年前沟吕木真也在行动中与黑暗梅菲斯特邂逅，在黑暗力量的诱惑下，沟吕木便出卖灵魂，与黑暗梅菲斯特结合。
与奈克赛斯奥特曼的多次交手下，两人仍分不出胜负。这时黑暗梅菲斯特竟召唤姬矢准第一头对付的异生兽——“地狱三头犬”伽鲁贝洛斯。
姬矢准悲伤的回忆和恐惧竟再次被唤起，被对方完全压制而陷入苦战。且经过多番的战斗后，姬矢准的身体已破损不堪，加上其随后被TLT捉拿进行实验，身体情况更是雪上加霜。
此时黑暗梅菲斯特派出异生兽库土拉引诱奈克赛斯奥特曼到临终之地决战。被奈克赛斯奥特曼多次所救的夜袭队也终于对奈克赛斯认同，更利用铬金切斯特战机的终极射线唤醒晕倒的奈克赛斯奥特曼。
奈克赛斯奥特曼与黑暗梅菲斯特最终在火光中双双消失。在光芒之中孤门见到姬矢准，姬矢准预言光会被某人继承……
当异生兽再度出现的时候，新的奥特曼出现了。
4、千树怜篇
姬矢准消失后，异生兽依然继续出现，这时一个蓝色的奈克赛斯站立于众人眼前。 战斗过后，孤门在附近一带搜查时，发现一个可疑的少年，于是便跟踪他。从伤势上，孤门可以肯定这少年便是适能者。孤门道明来意后，与少年千树怜成为了好友，并承诺会保守秘密。
TLT亦对千树怜起了疑心，派出MP的野野宫瑞生跟踪怜。不过瑞生不但跟踪失败，还与怜成为了朋友，甚至开始爱上了他。 在孤门和瑞生追查下，发现怜与一个名为“普罗米修斯之子计划”有关。在说明者的说明下得知这是一个优质因子婴儿的培育计划，怜是从美国逃出来的。
在临终之地之战后失踪的沟吕木真也再现于人前，但却失去了记忆。他更与一个父母被他间接杀害的小女孩为伴。
后来沟吕木真也被TLT捉拿了，在囚室间他恢复了记忆，更得知自己只是黑幕的傀儡，沟吕木真也决心在死前与那女孩再见面，于是胁持瑞生离开。在同一时间，黑暗梅菲斯托的力量已与MP的三泽广之结合。
孤门和西条风在追捕沟吕木真也时，三泽突然变身成黑暗梅菲斯特二代攻击众人，幸好怜及时变身成奈克赛斯奥特曼阻止了黑暗梅菲斯托II，不过却陷入苦战。
恢复人性的沟吕木真也利用自己的意志和光再次变身成黑暗梅菲斯特，沟吕木舍命把黑暗梅菲斯特II固定，奈克赛斯奥特曼只好无奈把两人一同消灭，沟吕木最终死在了西条风的怀里。
5、最终篇：
筋疲力尽的怜作为普罗米修斯之子计划的失败作，怜的身体日渐衰弱，变身而成的奈克赛斯奥特曼因此无法展开美塔领域，迫于无奈在真实世界作战。
梅格福拉什及伽鲁贝洛斯都被打败后，未知之手利用过去所有异生兽合成强力异生兽依组麦鲁，怜亦只好冒死出战。
奈克赛斯奥特曼一直陷于苦战，在危急关头下，幸得预知者鼓励，令奈克赛斯奥特曼再次站起来并打败依组麦鲁。事后怜已疲倦得倒下，幸好补完药物拉斐尔及时完成，怜才得以得到继续活下去的机会。
怜之后，下一个适能者竟是西条副队长，于此同时石堀队员露出了自己的真面目。
原来石堀光彦的真实身份正是黑暗扎基，而杀死西条风的父母、斋田莉子变成黑暗浮士德，沟吕真也木变成黑暗梅菲斯特都是他一手造成的，目的是令西条风心中充满仇恨。当西条风变成奈克赛斯时，立即被忘川侵蚀，光芒被石堀光彦吸收，黑暗扎基因此完全复活。
孤门奋不顾身地进入忘川救回西条，而光之纽带亦于同时降临到了孤门身上。孤门联想起姬矢和怜的变身，大喊一声奈克赛斯便立即变身。不过孤门仍不是黑暗扎基的对手，完全被对手碾压。
这时突然姬矢、怜出现于孤门的脑海中，奈克赛斯立即变成了成年形态反击，就在那时，人们突然想起当年的新宿事件，他们都纷纷为奈克赛斯打气。
在人们的鼓励下，孤门终于解放出“第一来访者”的力量，变成了诺亚·奥特曼。诺亚以强大的实力轻松压制黑暗扎基，更以闪电·诺亚把黑暗扎基消灭。 事后虽然异生兽仍继续出现，但是TLT已把灾害降至最低，并且放弃替目击者洗脑的做法，每人都怀着希望为明天而战。
NEXUS，那是被继承着的光的纽带。
扩展资料：
身份背景：
奈克赛斯
奈克赛斯·奥特曼是诺亚·奥特曼最初的形态。因为来访者根据诺亚·奥特曼的样子制造了人造巨人黑暗扎基。但由于黑暗扎基的暴走，来访者炸毁了M80和黑暗扎基逃到了地球。
诺亚最初为了追击THE ONE来到地球上，并借助地球人真木舜一的身躯来战斗，但最后诺亚被真木的话所感动，决定离开真木。之后诺亚把自己的光留在地球上等待像真木这样的人来继承光，而自己只剩下意志，与适能者同化之后成为奈克赛斯。
参考资料来源：百度百科-奈克赛斯·奥特曼
