马英九的用人，类似三国时代的刘备，只能用自己信任的人，如前“台北市副市长”金溥聪、东吴大学校长刘兆玄、台湾大学教授高朗、马家军“立委”吴育升等。这些人专业能力强，历练却不足，或许言之有理，未必能排难解纷，与马英九背景类似，没有互补作用。
在选举上，马英九过去多是台北打法，先凸显个人特点，再吸引选民投票。不过，辞去国民党主席后的这段时间，马英九勤走台湾中南部，拜访农村、渔港、山区等地方，已了解选举不能光走明星路线，靠露脸、握手，而是要深入基层。另外，国民党也积极整合地方派系，协助马英九巩固基层票源。
在积极准备对决之际，马英九与谢长廷也有各自的问题。以寻找副手来说，马英九必须说服“立法院长”王金平，同意与他搭档参选，而谢长廷则是要从苏贞昌与叶菊兰（民进党内与吕秀莲、蔡英文齐名的女性，历任“立委”、“交通部长”以及“客委会主委”等职）二人中选其一，避免落榜者的反弹。就官司而言，马英九有特别费案要打，谢长廷则有高雄捷运案、政治献金案待办。
