从流行病学上进行鉴别：
仔猪黄痢：最容易发作于1～3日龄的仔猪，个别仔猪在生后12h发病。发病率与病死率较高。
仔猪白痢：多发作于10～30日龄的仔猪，发病率中等，病死率低。
仔猪红痢：首要损害1～3日龄的仔猪，1周龄以上仔猪很少发病，发病率高，病死率低。
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从临床表现和病理变化上进行辨别
仔猪黄痢：排出黄色浆状稀粪，内含凝乳小片，很快消瘦、昏倒而死。胃肠道膨胀、有多量黄色液体内容物和气体，肠黏膜呈急性卡他性炎症，小肠壁变薄。
仔猪白痢：粪便呈乳白色或灰白色，浆状或糊状，腥臊、粘腻。肠黏膜有卡他性炎症病变。
仔猪红痢：排出血样稀粪，内含坏死碎片。空肠呈暗红色，肠系膜淋巴结鲜红色，脾边际有小点出血，肾呈灰白色。
猪痢疾：胃口减少，粪便变软，外表附有条状粘液，以后粪便黄色柔软或水样，直至粪便充溢血液和粘液。大肠黏膜肿胀，并掩盖有粘液和带血块的纤维素，内容物软至淡薄，并混有粘液、血液和碎片。
猪传染性胃肠炎：仔猪粪便为黄色、绿色或白色，可富含未消化的凝乳块。成年猪有吐逆、灰色褐色水样拉肚子。胃底黏膜充血、出血，肠系膜充血，淋巴结肿胀，肠壁变薄呈半透明状。
猪盛行性拉肚子：水样拉肚子，严重脱水，精力沉郁，胃口减退。小肠扩大，内充溢黄色液体，肠系膜充血，肠系膜淋巴结水肿，小肠绒毛缩短。
仔猪副伤寒：耳根、胸前、腹下及后躯部肌肤呈紫红色，粪便恶臭，呈淡黄色或黄绿色，并混有血液、坏死安排或纤维素絮片。脾肿大、质地较硬，呈暗紫红色，全身淋巴结充血、肿胀，肠系膜淋巴结肿大呈索状。
猪轮状病毒病：粪便水样或糊状，色暗白或暗黑。胃壁缓和，内充溢凝乳块和乳汁，小肠壁绵薄，广泛出血，肠系膜淋巴结肿大。
猪球虫病：水样或脂样拉肚子，粪便从淡黄到白色，恶臭。纤维素性坏死性肠炎，局灶性溃疡。
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从感染病原和临床特征上进行鉴别：
仔猪黄痢：是由致病性大肠杆菌导致的一种急性、致死性疾病，临床上以拉肚子、排黄色或黄白色粪便为特征。
仔猪白痢：是由致病性大肠杆菌导致的一种急性肠道流行症，临床上以排灰白色、腥臊、糨糊状稀粪为特征。
仔猪红痢：是由C型产气荚膜梭菌导致的一种高度、致死性的肠毒血症，临床上以血性下痢、病程短、病死率高、小肠后段的弥漫性出血或坏死性变化为特征。
猪痢疾：是由致病性猪痢疾蛇形螺旋体导致的一种肠道流行症，临床上以大肠黏膜发作卡他性出血性炎症，纤维素坏死性炎症，粘液性或粘液出血性下痢为特征。
猪传染性胃肠炎：是由猪传染性胃肠炎病毒(属冠状病毒)导致的一种高度触摸性肠道疾病，临床上以吐逆、严峻拉肚子和脱水为特征。
猪流行性拉肚子：是由猪流行性拉肚子病毒(属冠状病毒)导致的一种急性触摸性肠道流行症，临床上以吐逆、拉肚子和脱水为特征。
仔猪副伤寒：是由沙门氏菌导致的一种疾病，临床上以败血症、肠炎、使怀孕母畜发作流产为特征。
猪轮状病毒病：是由轮状病毒(属呼肠孤病毒)导致的一种急性肠道流行症，临床上以拉肚子和脱水为特征。
猪球虫病：是由球虫导致的一种疾病，临床上以水样或脂样的拉肚子为特征。
