通常种子店出售的种子不是转基因种子，而是杂交种子。杂交种子是不能留种的。
杂交优势就是采用两个不同遗传性的亲本，通过人为的干预方式对物种进行指定的隔离和交配，经过杂交而获得的后代，往往超过原来的亲本，表现出强大的优势。例如，玉米的杂种第一代（F1）无论株高、茎叶、根系、雄穗、雌穗和籽粒，以及其他的抗旱耐涝、抗病虫害和抗倒伏能力、光合作用强度等方面，都比亲本优越得多，因而产量也就大幅提高，这些优越性的表现，就是杂种优势。而利用杂种优势生产出的第一代（F1）种子就是杂交组合，俗称杂交种。如果将杂交种第一代（F1）种植收获后的留种也就是杂种第二代（F2）继续种植，就会出现植株高矮不齐，果穗大小不一致，成熟早晚也不一致，甚至不结实的现象，其杂种优势显著减弱，产生性状分离，产量也大大降低。所以，杂交种不能留种，只有利用第一代，才能起到增产的作用。
转基因育种是通过人为地在某个物种的遗传物质中选出一个特定的基因，将其分离，然后用人为的，强制性的方法、手段插入另一个物种的遗传结构中，从而改变目标物种的一些表现性状，而利用基因工程技术改变基因组构成并用于农业生产的种子就是转基因种子。转基因产品一般都是绝育产品，所以转基因种子也是不能留种的。
我国批准商业化种植的转基因作物仅有棉花和番木瓜，占全国作物种植比例的2.8%，批准进口用作加工原料的也只有大豆、玉米、棉花、油菜和甜菜5 种作物，中国至今没有批准任何一种转基因粮食作物种子进口到中国境内种植。我国种植的作物绝大多数是杂交品种，所以，一般种子店出售的种子都是杂交种子也就很正常了。
