1、这个股东是要从账目里支取500万现金吗？
是的，如果是注册资金同步减少的话，由企业支付。如果注册资金不减少属于转让，由收购股权的股东或他人支付。
至于是用现金还是银行转账是公司操作层面的事情，一般银行不允许提出这么多现金，可以由退出的股东开个与企业存款在同一银行的个人卡或存折，将退股的500万一次性转到这张银行卡上。
2、该股东未分配的权益都要按比例返还给股东？
理论上是的。但要由全体股东决定，因为退股有时是有代价的，如果其他股东不同意退股，该股东也无法退出。增资、减资、退股、转让一类的事项，要全体股东签字同意，否则无效。
法定公积金、盈余公积金不能参与分配，属于公司（法人）权益，不是股东权益。
3、如果该股东在公司设立时候是以实物出资，减资时候该实物已经损耗或者价格有变化，该如何处理？
按评估值。该股东如果是实物出资，入资时就应该有资产评估报告，并以此作为验资证明；退出时也一样，需要整体评估公司净资产（股权权益），然后用净资产乘以退股股东的股权比例，即是应该给予该股东的退股资金（计算值）。如果计算值大于500万，差额应该是未分配利润；如果计算值小于500万，则按实际支付给退股股东。这样，是按净资产计算的股权对应的资金，大于说明有投资收益；小于是股东的投资损失。
