新疆，最原始的称呼是柱州，汉称西域，意思是中国西部的疆域，这一名称自汉代出现于我国史籍，一直沿用到清朝统一新疆，之后改称新疆。
近代新疆各地考古资料表明，最晚在六七千年以前,新疆地区已有人类活动。在大约距今二三千年以前的新石器时代，天山南北各地，诸如哈密的三道岭、七角井、吐鲁番盆地的阿斯塔那、乌鲁木齐县的柴窝堡，以及木垒、奇台、伊犁、库车、巴楚、且末、于阗、皮山等地都已出现人类祖先活动的遗迹，其石器形制、打刻技术以及共存的陶器色彩、花纹与我国甘肃、内蒙、宁夏等地相近。
新疆位居东西交通孔道，历史上十分频繁的民族迁徙和交往，导致了新疆古代居民错综复杂的种系族属和民族关系。
西域同中原地区的交往联系源远流长。 很早以前，我国的丝及丝织品便中经西域远销南亚和欧洲，古希腊人称中国为“丝国”。沿此以往，这条横贯东西的贸易通道被后人统谓作“丝绸之路”。
我国古史中对于西域地理历史的真实具体记载当始自汉代，同样也在汉代，中央政府在西域各地开始设置地方政府机构，所以，自汉代以后，西域便已是我国不可分割的组成部分。至西汉初年，天山南北各地社会经济已有很大发展。
西汉王朝统一西域大业是从讨伐匈奴开始的。匈奴是秦汉之际在我国北方草原地区活动的一个实力强盛的游牧民族，初弱，后强盛。匈奴对北方地区，包括西域的统一管辖，结束了该地区长期以来诸游牧部落不相统属的分割局面，为后来全国性的统一局面形成创造了条件。
汉武帝刘彻为了打败匈奴，巩固其统治，决定“通西域，以断匈奴右臂，隔绝南羌，月氏”。为此他先派张骞两度出使西域，以加强同西域诸地的联系，共同对付匈奴。张骞西使加深了中原地区对西域的了解，密切了两地之间政治、经济联系，扩大了汉朝在西域诸地的政治影响，为汉朝统一西域创造了条件。
张骞第一次出使西域后不久，公元前121年汉朝大将军霍去病大败驻牧在河西走廊一带的匈奴浑邪王和休屠王，汉朝在此置武威、酒泉两郡（后改为武威、张掖、酒泉、敦煌四郡），从而切断了匈奴同氐、羌诸部的联系。尔后汉朝同乌孙的联盟使匈奴在西域更显孤立，公元前109年，汉军将领赵破奴等率部西征攻破楼兰、姑师等西域重镇。前102年，汉军攻破大宛城（今费尔干纳），汉朝在西域各国中的威望大增。翌年，汉朝在西域的轮台、渠犁等地驻兵屯田，并置使者校尉统领之。使者校尉是汉朝政府设在西域的最早的地方官员。
公元前60年，驻扎西域的日逐王贤掸降汉，天山南北诸地均归汉朝中央政府统属。西域都护府的建立，标志着西域诸地自此成为我们统一多民族伟大祖国的组成部分。汉朝在政治、经济、军事等方面加强了西域同中原地区的关系。
西汉末，外戚作乱，王莽篡权，内地政局不稳天山南北各地复陷入分裂割据状态。东汉初年，匈奴南下，重新统治了西域各地。公元73年，东汉王朝派遣大军攻伐北匈奴，其中汉将窦固、耿忠等率部出酒泉，于天山一带击败匈奴呼衍王部，占据伊吾（今哈密市）。同时，窦固部将、时任假司马的班超受命顺天山南麓西行收复失地，班超以其卓越的政治、军事家才干，在西域各地人民大力帮助下，南征北战，有力地稳定了西域的政治局势，后受封为西域都护“定远侯”。班超在任期间，还派甘英等人于公元97年出使大秦（东罗马帝国），其使团足迹曾抵达波斯湾，使东西方之间的交往联系得到进一步发展。
西汉时期，随着东西方经济文化的交流传播，极大地带动促进了西域社会经济的进一步发展。西域的农作物胡麻、蚕豆、石榴、大蒜、葡萄、苜蓿等相继传入内地，被誉作“天马”的大宛马、乌孙马、各种毛皮也通过“丝绸之路”源源不断地进入到中原地区。同时， 原地区的丝绸和丝织品也传入西域并经此西传欧洲。此外，伴随着屯田士兵而传入西域的还有先进的生产工具和农业经验，如铁铧、铁锄等铁制农具及代田法，还有掘井技术和冶铁技术等。
西域的手工业，如陶器制造，毛纺织品，玉石制造业技术工艺俱有相当高的水平。汉代新疆广泛流行汉朝的五铢钱，和田马钱以及安息银币等说明了该地区蓬勃发展的商业水平。
现有的石窟壁画和大量的汉文记载都说明当时西域的音乐舞蹈艺术已有相当高的水平，并给内地很大影响。
魏晋南北朝时期，西域出现了社会大动荡和民族大融合的局面。隋唐时期是我国封建社会空前繁荣、昌盛的时期。唐朝统一了西域，并在西域设立了安西大都护府和北庭大都护府，以及回鹘西迁，是这一时期西域历史上的两件大事。北宋时期，西域存在着高昌回鹘王国、于阗王国、喀喇汗王朝三个并立的地方政权。到了南宋时期，于阗王国并入喀喇汗王朝，但又出现了西辽王朝。
1206年，蒙古帝国建立，1271年改国号为元朝。蒙元时期西域大部分地区为成吉思汗次子察合台的封地。明代，西域在东察合台汗国统治之下。明朝中叶，东察合台汗国演变为叶尔羌汗国。元、明两代，西域各族人民为保卫和开拓祖国边疆、繁荣西域经济、发展科学文化技术，作出了卓越的贡献。
清代是我国统一的多民族国家空前巩固和发展的时期。18世纪中叶，清朝先后平定了准噶尔贵族和大、小和卓的叛乱，统一了新疆，并采取了一系列卓有成效的治理措施，这对于我国西北疆域的最后界定，新疆各主要民族及其分布格局的形成，以及新疆各民族之间、新疆与中原之间的政治、经济、文化联系与交流，产生了深远的影响。1771年，土尔扈特人在首领渥巴锡的带领下回归祖国。
乾隆二十四年（1759年）后，改称西域为“新疆”或“西域新疆”，清政府开始在新疆各地置官立府，行使中央政府对天山南北各地的管辖治理。新疆与内地的军政体制基本一致，国家的统一局面得到进一步加强。
1840年的鸦片战争是中国近代社会的开端，鸦片战争以后，新疆和祖国其他地区一样，逐渐沦为半封建半殖民地社会。新疆各族人民反地外国入侵，反对分裂以及反对封建剥削压迫的斗争任务更为繁重。新疆同祖国的命运越来越密切。
第一次鸦片战争以后，大清王朝日益衰弱，中国领土主权遭到帝国主义的践踏。位处祖国西北边陲的新疆更深受沙俄侵吞之害。沙皇俄国在完成对西伯利亚的扩张之后，开始蚕食侵占我国领土。1860年到1851年前，沙俄迫使清政府签订丧权辱国的《中俄北京条约》、《中俄勘分西北界约订》和《中俄伊犁塔尔巴哈台通商章程》。由于清朝衰落，毗邻新疆的中亚浩罕国受沙俄指使,妄图通过吞并新疆来进一步控制中国.一些反动和卓打着“圣战”的旗号，攻城掠地，无恶不作，给新疆人民带来沉着灾难。沙俄又借口伊犁农民起义和阿古柏势力威胁到俄国安全，打着保护和代守的旗号，公然出兵占领伊犁。新疆面临为外国瓜分侵占的危险。
清政府在经过一场所谓“海防和塞防密瓜”的争论之后，西北防务生新得到清统治者的关注和重视。光绪元年（1875年），陕甘总督左宗棠受令以钦差大臣督办新疆军务。清军入疆顺应历史潮流，得到新疆各族人民的拥护和支持。至光绪三年底，清军已陆续收复到天山南部诸地，阿古柏的侵略政权覆没。
光绪七年二月，清政府使臣曾纪泽（曾国藩之子）经过与沙俄艰苦的外交斗争，几经周折，终于达成《中俄伊犁条约》，条约议定次年沙俄军队撤出伊犁，中国以赔款和允许俄商在新疆贸易不纳税，俄国在嘉峪关和吐鲁番设领事作为代价。1882年，伊犁终于回到祖国的怀抱。
光绪十年（1884年），清政府发布新疆建省上谕，刘锦棠被任命为首任新疆巡抚。将迪化直隶州升为府，新疆军政中心由伊犁移到乌鲁木齐。实行以军府制为主体的多元性行政管理体制到单一郡县制的转换，使新疆行政建置与内地趋于一致。
清朝对新疆的经营，无论是规模和范围皆远胜从前历代，社会经济得到前所未有的进步和发展。1、屯田戍边，农垦事业规模空前。2、移民及人口增长。3、矿产资源的开发利用进入一个新的时期。4、商业贸易有一定发展。5、兴办各种文化教育事业。
