一、颁布机构不同：
卫食健字是国家卫生部2004年及以前的批准号。卫生部对审查合格的保健食品发给《保健食品批准证书》，获得批准证书的保健食品准许使用卫生部规定的保健食品标志。
国食健字由卫国家食品药品监督管理局批准的产品批准文号。保健食品的质量标准由国家质量监督检验检疫总局颁布。
二、格式不同：
卫食健字格式有：国产的保健品批号，格式是：卫食健字（年号）第××××号、进口的保健品批号，格式是：卫食健进字（年号）第××××号 两种。
国产保健食品批准文号格式为：国食健字G+4位年代号+4位顺序号；进口保健食品批准文号格式为：国食健字J+4位年代号+4位顺序号。
三、有效性不同：
自2004年国家成立了食品药品管理监督局后，卫食健字号一律要重新审批转为国食品健字号。国家食品药品监督管理局对保健食品生产企业原来批准的证书重新登记审核，以往两种批准文号“卫食健字”及“国食健字”被统一规范为“国食健字”。
参考资料来源：百度百科-卫食健字
参考资料来源：百度百科-国食健字
