主语是小红，下面是详细解释：
1. 主语的定义：主语是句子中执行动作的人、物或概念，是句子的核心成分，其他成分都围绕主语来展开。
2. 句子的组成：句子由主语、谓语、宾语等基本成分构成。其中，谓语表示主语的动作或状态，宾语表示主语的对象或受动作影响的人或物。
3. 小红的手里拿着铅笔盒是完整的句子：这个句子包含主语、谓语和宾语。主语是小红，谓语是“拿着”，表示小红在做什么，宾语是“铅笔盒”，表示小红在拿着什么东西。
4. 小红是具体的人物：根据题目描述的信息，我们可以判断出小红是一个具体的人物。她手里拿着铅笔盒，说明她正在进行某种活动，而不是抽象概念或场景。
5. 铅笔盒是一个物品：同样根据句子中的“铅笔盒”这个词，我们可以确定这是一个物品，属于宾语的范畴。
综上所述，小红的手里拿着铅笔盒这个句子中的主语是小红。
