益生菌可以从多个角度进行分类。以下是其中的一些主要分类方案：
1. 非致病菌或有益菌：这类益生菌通常不会引起疾病，相反，它们对宿主的健康有好处。比如双歧杆菌、乳酸菌等。
2. 同源性菌株或异源性菌株：同源性菌株是从同一品种或同一属中获得的菌株，它们在生物学上非常相似；异源性菌株则来自于不同的部分。
3. 活菌或死菌：活菌是指仍然活着并且能够繁殖的细菌；而死菌则是指失去了生物活性的细菌。在各种益生菌产品中，有些产品使用活菌，有些产品使用死菌（如培养液中的菌株被灭菌），而有些则两者都包含。
4. 多菌制剂或单一制剂：多菌制剂是指同时包含一些不同菌株的产品；单一制剂则只包含一种菌株。多菌制剂被认为对大肠杆菌感染等特定情况使用更为有效，而单一制剂则可能更适合某些特定健康状况的预防。
5. 组成成分：包括单纯菌粉、益生元和共生元。其中，单纯菌粉是指提取单一益生菌菌株的产品；而益生元和共生元通常是指包含预生物（如低聚果糖）和营养素（如维生素和矿物质）等其他物质的产品。
6. 天然来源或基因工程来源：天然来源的益生菌是指自然存在于食物中的菌株；而基因工程来源的益生菌是指经过基因改造而得到的菌株。目前市售的产品大都是天然来源，但是随着科技的进步，基因工程方法将来也可能用于益生菌的生产。
