分居协议书手写的确可以有效，但需要注意以下几点：
1.签字：协议书需要由双方签字并留下日期，确认就是双方达成的协议，如果手写不清楚或者签字不规范，可能会无效。
2.内容：协议书必须详尽地说明分居的原因、时间、责任分配等事项，否则可能会导致合同无效或争议。
3.证据：如有争议，手写的协议书需要提供充足的证据来证明其真实性，否则可能无法起到有效作用。
4.文书：建议将协议书制成正式文件，并保留副本，以备将来参考查证。
总的来讲，分居协议书是一种民事合同，无论手写或电子书写，只要符合法律规定并有双方的有效签字，就具有法律效力。因此，在签署任何协议书之前，最好咨询专业人士，以确保它符合法律标准和两个人的利益。
