南京同仁堂与北京同仁堂有以下关联：
1. 同为中国老字号企业：南京同仁堂和北京同仁堂都是成立于清朝的老字号中药企业，经历了百年风雨沧桑。
2. 传承同一家族：南京同仁堂和北京同仁堂均是由同一家族创办，并且由家族子孙代代相承。两家同仁堂曾分离，但在1999年重新合并。
3. 药品品牌相同：两家同仁堂的核心药品品牌“同仁堂”是一致的，且都以制定标准、所用材料等进行了规范化管理和生产。
4. 取得各自突破：南京同仁堂和北京同仁堂在不同的时期都取得了各自的突破。南京同仁堂曾在1972年成功研制出补脾养胃益肺汤片，北京同仁堂则在2006年成功研制出了预防甲型H1N1流感的中药“同仁抗流感口服液”。
5. 相互支持合作：两家同仁堂既有竞争，也有支持和合作。合并前，南京同仁堂是北京同仁堂的大股东，后来两家企业通过合并实现了整合优势资源，实现了更高的发展。
