土地使用权转让合同纠纷的处理需要遵循法律程序，包括以下几个方面：
1. 先核实土地使用权证的真实性和有效性。如果土地使用权证存在问题，则土地使用权转让合同也可能无效。
2. 了解双方当事人签署合同的原因、要求和条件，查明纠纷产生的具体事实经过和责任。如发现其中一方存在欺诈、误导等行为，则有可能撤销合同并追究其违约责任。
3. 如果争议无法通过谈判解决，可以向仲裁机构或法院起诉。应据实提供相关证据和资料，并且及时掌握和收集新证据。最后由仲裁机构或法院作出裁决。
4. 在裁决后，应按照裁决结果执行，如有不服还可进行上诉。
5. 对于购买土地使用权的企业，应注重对合法性的审视，深入调查被转让土地的情况，确认土地的所有权和使用权是否落实正规程序，了解土地的规划和限制性条款，以降低风险。同时，建议与专业律师或法务团队进行咨询，以确保自身合法权益。
处理土地使用权转让合同纠纷需要认真分析各种法律规定和案例，多方协商寻求解决之道，并且在执行裁决后及时总结、规划和整改。
