电动自行车合格证是指证明电动自行车符合国家相关标准和规定，并获得了认可的证明文件。如果电动自行车的合格证丢失了，是否能上牌要看具体情况。以下是具体分析：
1. 如果电动自行车已经在登记上牌并且使用了一段时间，此时合格证丢失对于上牌影响较小。因为有关部门已经确认该车符合标准，持有车主只需要通过车辆管理所提供的其他相关证明文件即可继续使用。
2. 如果电动自行车还未上牌，缺少合格证可能会对上牌造成困扰。因为此时车辆还没有取得合法的身份，没有合格证就无法证明该车符合国家要求，车管所不能给予批准登记的措施。
3. 如果电动自行车的合格证不幸遗失，车主可以联系电动车品牌厂家或销售商重新获取一个合格证。对于长时间不使用或者退役电动自行车，保留好合格证是极其必要的，因为其确保了车辆的基本法律身份和市场信誉。
综上所述，虽然电动自行车合格证的丢失对于上牌有一定影响，但不是必须条件，车主可以根据实际情况采取对应措施。为避免不必要的麻烦，持有电动自行车合格证的车主推荐在日常使用时妥善保管。
