工程预付款的扣回方法可以按以下几个方面进行：
1.违约责任扣除：如果工程承包商存在违约行为，如未按合同规定完成工程等情况，业主有权扣除工程款中的预付款作为违约责任赔偿。
2.待定扣除：对于工程进展尚未确定或者有争议的情况，业主可以暂时扣留一部分预付款作为工程待定款，待工程进展稳定之后再进行解冻或者实际支付。
3.质保期押扣：在工程交付验收后，业主可以将一部分预付款留作质保金，并在质保期内进行押扣，以应对可能出现的质量问题或者纠纷。
4.税务扣除：在工程结算中，业主需要按照税法规定进行税费扣除，在扣除税费后再进行预付款结算。
5.其他费用扣除：根据合同约定，业主可以扣除与工程相关的其他费用，如差旅费、材料费等。
总之，工程预付款的扣回方法需要根据具体情况和合同约定进行，业主需要在合法合规的前提下进行权益维护和风险控制。
