股东瑕疵出资是指股东在认缴或实缴股本时存在的违反公司法、证券法、现有财税法规以及公司章程等的情形。因此，根据股东瑕疵出资情形不同，其对股东资格的影响也不同。以下是对于该问题的分点回答：
1. 如果股东的瑕疵出资属于有效出资行为，那么不能否认股东的股东资格。比如说，股东实际已经按照公司章程和法律规定缴清了应认缴和实缴的股本，但是由于某种原因证明资金来源存在问题，这种情况下，实际的出资已被确认，公司无权否认他的股东身份。
2. 如果股东的瑕疵出资被法院或其他司法机关认定为不合法的出资行为，那么可以否认股东的股东资格。比如说，如果股东是通过非法获得的资金用于认缴或实缴股本，那么该股东的股东身份可能被取消。
3. 另外一种情况，如果股东未依照公司章程规定缴足全部认缴或实缴的资本，那么该股东的股东资格也可以被否认。比如说，公司章程规定新股发行后必须在一定时间内缴足全额认股款，但该股东未能如期缴付，则其应被视为未完成出资，可能会被取消股东身份。
总之，股东瑕疵出资是否能否认股东资格，需要根据具体情况进行判断，如果不符合相关法律法规和公司章程的要求，可能会被视作不合法的出资行为，从而影响股东资格。
