1. 留存时间不同：质基因是存在于线粒体和叶绿体等细胞器中的基因，留存时间比较短，可随着细胞器的分裂而丧失；而核基因则存在于细胞核内，留存时间较长，能够传递给下一代。
2. 编码蛋白质的数量不同：质基因编码的蛋白质数量较少，一般仅编码细胞呼吸和光合作用中的少数酶类；而核基因则编码了细胞内几乎所有的蛋白质。
3. 基因复制方式不同：质基因通过单倍体细胞器的复制来传递给子代，而核基因则在有丝分裂和减数分裂中依靠染色体的复制来完成。
4. 遗传变异速率不同：质基因由于存在于细胞器中，暴露在高氧化剂、辐射和自由基等影响DNA稳定性的环境中，因此容易发生突变和遗传变异，其突变率比核基因高。
5. 遗传模式不同：质基因遗传主要是垂直遗传，即从母本传递给子代；而核基因遗传则既包括垂直遗传，也包括水平遗传，即通过杂交和基因重组的方式进行遗传。
总之，质基因和核基因在生物进化和遗传变异等方面有很大的差异，在生命活动中扮演不同的角色。
