甲基蓝和亚甲基蓝都是含有亚甲基基团的三苯甲基甲嗪盐。它们的区别在于：
1. 化学结构：甲基蓝中的亚甲基基团在苯环上的位置是1,3位，而亚甲基蓝则是在1,4位。
2. 颜色表现：甲基蓝在碱性条件下呈现出蓝色，而亚甲基蓝在酸性条件下呈现出绿色。
3. 吸收峰位：两者吸收光谱具有不同的特点，甲基蓝的吸收峰位在617纳米左右，而亚甲基蓝的吸收峰位则在660纳米左右。
4. 应用范围：由于各自化学特性和表现方式的不同，在临床和实验室中它们的应用有所差异。甲基蓝常用于染色、光度分析等方面，而亚甲基蓝则常用于核酸电泳染色和细胞存活率检测等领域。
5. 毒性： 两者毒性也不相同。甲基蓝因为他的化学结构单元呈阳离子，对细胞膜具有破坏能力，致死浓度低于每升150微克。亚甲基蓝比甲基蓝毒性小，致死浓度约为每升350-400微克.
