1. 微生物进化距离我们非常遥远，其存在的时间长达几十亿年，与人类相比，微生物具有更长的历史以及更多的适应环境的能力。
2. 微生物个体的大小很小，导致它们在进化中的产生变异的机率相对较小，也就是说在进化中的可能性也较低。
3. 多数微生物繁殖速度很快，因此任何只要对其不利的基因突变，在进化的过程中极易被淘汰。
4. 微生物的基因组相对较简单，仅含有一两千个基因，其落后基础很难实现一些复杂的转录调控和复杂的功能，也阻碍了微生物的创新能力。
5. 微生物所处的生存环境耐受性相对较高，使得其在进化或者遭受外界压力时很难发生重大的改变，而继续保持原来的状态。
