清理工具不清理临时文件可能会对系统或软件产生负面影响，因此需要采取相应的措施来避免删除这些文件：
1. 排除特定目录和文件：可以将清理工具设置为排除一些特定的目录和文件，如系统所需的临时文件夹、正在使用中的程序文件和重要的系统文件等。这样可以确保不会误删除重要的文件。
2. 分类清理：将临时文件按照类型分开清理，避免误删重要的文件。例如，Windows系统中有很多临时文件夹，包括Temp文件夹、Prefetch文件夹和AppData文件夹等，清理时应该根据具体情况选择清理。
3. 定期清理：定期清理可以帮助及时清除过期的临时文件，避免占用大量空间和影响系统运行速度。可以设置清理工具每个月或每周都自动清理一次临时文件。
4. 手动清理：如果不想使用清理工具清理临时文件，可以手动清除。但需要注意的是，只能删除自己知道和确认的文件，不要随意删除系统文件和重要的软件文件，否则可能导致系统崩溃和软件无法正常运行。
