未经劳动能力鉴定委员会确认，单位不能算旷工。
工伤职工停工治疗期间，向用人单位提交了治疗工伤医疗机构的休养证明，用人单位不同意的，应当申请劳动能力鉴定委员会确认，等待劳动能力鉴定委员会确认期间，按停工留薪期计算，原工资照发。劳动能力鉴定委员会确认停工留薪期满，自收到鉴定结论之日起不复工的算旷工；确认继续休养的，按确认的期限享受停工留薪期待遇。
北京市劳动和社会保障局
《北京市工伤职工停工留薪期管理办法》
京劳社工发[2003]195号
第三条 工伤职工应及时将工伤医疗机构出具的诊断证明或者 休 假 证明报送给所在单位。由用人单位根据工伤医疗机构的诊断证明，按照《停工留薪期目录》（见附件），确定工伤职工的停工留薪期，并书面通知工伤职工本人。
第八条 工伤职工申请延长停工留薪期的，应在期满前3日内向本单位提出书面申请并提交工伤医疗机构出具的休假证明，经用人单位同意后，可以延长停工留薪期。工伤职工未在规定的时间内提出延长停工留薪期申请的，停工留薪期到期终止。
用人单位对工伤职工申请延长停工留薪期有异议的，应在接到申请后7日内向区、县劳动能力鉴定委员会申请确认，用人单位未提出申请的，视为同意延长停工留薪期。劳动能力鉴定委员会做出确认结论前工伤职工享受停工留薪期的待遇。
