工会经费属于广义的工资薪金，不涉及增值税或营业税的税务和账务处理，其所设计的是个人所得税和企业所得税。因此，营改增对“三项经费”（福利费、职工教育经费、工会经费）没有影响。只是《企业会计准则》修订后，一级科目有“应付工资”“应付福利费”“其他应交款”合并成了“应付职工薪酬”，并且“应付职工薪酬”的核算范围比原先三个科目总的核算范围还要更广。
三项经费实际发生时从成本费用类科目（“生产成本”“销售费用”“管理费用”）中计提到“应付职工薪酬”，报销时从“应付职工薪酬”转销，减少现金或银行存款。
在企业所得税汇算清缴中，三项经费按照下列比例可以税前列支：福利费为工资总额的14%，职工教育经费为工资总额的2.5%，工会经费为工资总额的2%。其中职工教育经费如果超标，超过标准的部分可以结转以后年度抵减。
