政治性体现思想政治教育的本质属性，是其内容的体现；科学性也体现思想政治教育的本质属性，是其形式的要求。科学的形式即是思想政治教育政治性内容的载体，政治的内容即是思想政治教育科学性形式的内核。思想政治教育的政治性和科学性是辩证统一的关系。
1.两者缺一不可，不可偏废
缺失科学性，易犯极左的错误。思想政治教育缺失科学性，一味高扬其政治性，就容易犯极左的错误，给党和国家的建设事业带来“不攻自破”的灾难性破坏。虽然极左在孤立、混乱、势弱等特殊背景下，对于维护局面、稳定人心、凝聚力量、“打碎旧世界”有其积极的意义，可能起到“绝处逢生”、“柳暗花明”的效果。但是那是需要特殊背景条件支持的，基本是可遇不可求的。极左行为、政治狂热带来的很可能是盲目的政治暴动，带来泛政治化，带来政治庸俗化。极左的政治狂热不符合科学规律，阻碍人类社会的发展进步，终将化作噩梦一场永远刻在历史的耻辱柱上，比如，焚书坑儒。而文化大革命的十年浩劫给我党、我国、我军的发展所造成的灾难性影响是也刻骨铭心的。
缺失政治性，易犯右倾错误。极左固然是很有害的，因而是不可取的。而右倾，即“政治冷漠、不谈政治”，遵循所谓的客观规律，谋求所谓的 “人类共有的价值观念”的普遍真理，其结果将是“一攻就破”的自找灭亡。政权的唯一性决定它的追随者只能有一个当家作主人。作为敌对势力的对立阶级之间的政治斗争是“誓不两立”性质的。一方力量的减弱，意味着对方力量的增强。一方丧失政治主导权，没有政治敏锐性，就会给对方造成可乘之机。缺失了政治性思想政治教育就有失败的隐患。前苏联被资本主义和平演变以致解体，一个主要原因是前苏联领导层丧失政治主导性和敏锐性。前苏联的解体招致亡党亡国、丧政丧权。思想政治教育要顺利开展并取得成效，必须在重视其科学性的同时，高度重视其政治性。
2.两者互为前提，互促互进
思想政治教育的政治性和科学性缺一不可，不可偏废。而在思想政治教育中，坚持二者并存也不一定就足以收到好的成效。政治性和科学性并重是前提基础，思想政治教育中两者是“突出政治性，依托于科学性；尊重科学性，统辖于政治性”的互促互进的关系。
突出政治性，依托于科学性。由于政治生活的需要和政治生活对思想政治教育的决定性影响，思想政治教育必须旗帜鲜明地突出政治性。具体的说就是要确立思想政治教育的价值取向和阶级立场，要明确思想政治教育的政治任务和工作内容，要熟悉思想政治教育的组织结构和社会职责，要保证思想政治教育的顺利开展和有效运作。在开展思想政治教育活动中，政工干部首先要有明确的政治立场和政治目的，保持敏锐的政治嗅觉和警觉，要有政治热情。政工干部头脑中政治那根弦不能放松，应当对思想政治教育的主体、客体、环体、介体有系统的把握，对受众的政治意图和政治动向要尽量去把握准确。而政治性的突出要依托于科学性。思想政治教育过程中，政工干部“火热的心”的基底是“清醒的脑”。政工干部要保持理智的头脑，不可搞政治狂热，不可搞盲目暴动，任意煽风点火。政工干部要清醒地认识到思想政治教育的科学性，自觉地使自己的言行举止符合思想政治教育的规律。根本地说，要保证思想政治教育符合“三个代表”重要思想的要求和人类社会发展的科学规律。
尊重科学性，统辖于政治性。尊重思想政治教育的科学性，表现在对其固有的客观规律、特殊的研究对象、独特的方法和艺术、持久旺盛的生命力和实效力的深刻认识与把握。努力地由思想政治教育实践活动提炼出科学的可重复的理论成果和实践成果。严防盲目冲动、义气用事，严防“头脑一热，两眼一瞪”下判断。而且在国际化和现代化背景下，思想政治教育应当走向开放和现代化。思想政治教育应当借鉴西方国家成熟的心理学、管理学、社会学、宗教学等的研究成果。这样，思想政治教育才能适应时代要求，才能不断战胜新的挑战。同时，思想政治教育的科学性必须受到政治性的统辖。也即思想政治就教育的科学性必须讲原则、讲范围。科学争论必须有一定程度和一定范围的前提假设，至少要有一定的前提说明。“科学无国界，科学家有祖国”；新闻无国界，记者有祖国。科学研究，包括思想政治教育的科学研究和其它领域的科学研究必须统辖于政治生活的需要，服务于政治生活的需要。当前，资本主义在世界范围内占主导地位，资本主义惯于将政治与科学“打包”兜售，鼓吹资本主义在经济、制度、文化上的优越性，打着“科学无国界”的幌子，进行政治渗透和和平演变。思想政治教育应当在尊重科学性的同时，保持政治上的主导权和话语权。
