一百九十九条是说，当事人申请再审的，不停止判决、裁定的执行。二百零六条是说，按照审判监督程序决定再审的案件，裁定中止原判决、裁定、调解书的执行，但部分例外案件，可以不中止执行。两个条款最主要的区别是明确只有决定再审的案件(例外案件除外)才会中止执行，当事人申请再审不影响执行。
《民事诉讼法》摘录：
第一百九十九条当事人对已经发生法律效力的判决、裁定，认为有错误的，可以向上一级人民法院申请再审；当事人一方人数众多或者当事人双方为公民的案件，也可以向原审人民法院申请再审。当事人申请再审的，不停止判决、裁定的执行。
第二百零六条按照审判监督程序决定再审的案件，裁定中止原判决、裁定、调解书的执行，但追索赡养费、扶养费、抚育费、抚恤金、医疗费用、劳动报酬等案件，可以不中止执行。
