首先需要核实建房时的宅基地使用权证明或者集体所有建设用地使用权证明、申请登记房屋符合城乡规划的证明和房屋测绘报告或者村民住房平面图，如果产证面积和资料不符的，可以依据《房屋登记办法》的规定申请变更。
1、根据《城乡规划法》第四十一条： 在乡、村庄规划区内进行乡镇企业、乡村公共设施和公益事业建设的，建设单位或者个人应当向乡、镇人民政府提出申请，由乡、镇人民政府报城市、县人民政府城乡规划主管部门核发乡村建设规划许可证。在乡、村庄规划区内使用原有宅基地进行农村村民住宅建设的规划管理办法，由省、自治区、直辖市制定。
2、农户建房必须按照上级主管部门核发的规划证和用地证上规定的面积和层数修建房屋。如果在规划区，必须到当地规划部门办理《乡村建设用地规划许可证》（包括标有建设用地具体界限的附图和明确具体规划要求的附件）；如果不在规划区内，只要经国土资源部门批准，在办理了《农村居民建设用地许可证》后，按照核定的面积和四界修建即可。如果多修导致了面积超建不能办理房产证，农户必须依法拆除超建面积才能办理房产证，由于在修建房屋时没有注意规划手续，造成的超建面积损失由农户自己承担。
3、根据《土地法》的规定，农村的宅基地审批权在县级人民政府，因此，只有经过县级政府批准并颁发了宅基地使用权证，才能依法领取房屋产权证。农村房产证办理流程主要是依据2008年7月1日起施行的《房屋登记办法》的规定办理。一、需要提交下列材料：（一）登记申请书；（二）申请人的身份证明；（三）宅基地使用权证明或者集体所有建设用地使用权证明；（四）申请登记房屋符合城乡规划的证明； （五）房屋测绘报告或者村民住房平面图；（六）其他必要材料。
4、《房屋登记办法》第八十二条 依法利用宅基地建造的村民住房和依法利用其他集体所有建设用地建造的房屋，可以依照本办法的规定申请房屋登记。法律、法规对集体土地范围内房屋登记另有规定的，从其规定。
第八十五条 发生下列情形之一的，权利人应当在有关法律文件生效或者事实发生后申请房屋所有权变更登记： (三)房屋面积增加或者减少的; (五)法律、法规定的其他情形。
