危害谈不上，但至少存在三大弊端：
1、增加了网吧的运营成本：
让顾客使用身份证到网吧进行实名登记上网，其实名制系统需要由网吧来买单。以过滤王实名上网系统为例，软件购买费用加上运行实名认证的硬件平台，每家网吧支出的成本费用大约在10000元左右。当下刚刚推行的二代身份证刷卡系统，对网吧而言又是一笔不小的开支。更令网吧老板郁闷的是，第二代实名上网系统刚用了没几年，又要换身份证刷卡系统。显而易见，实名制系统增加了网吧的运营成本。而网吧为了保证自己的利润空间，又必然将这些费用以提高上网价格的方式转嫁到顾客身上。
2、把未成年人推进了黑网吧：
正规网吧都用二代身份证刷卡上网，未成年人因为年龄原因不能办理身份证，无奈最终只能选择走进黑网吧。未成年人不进正规网吧，并不表示万事大吉了。要清楚一点，黑网吧也是网吧，一旦媒体报道，正规的网吧同样难辞其咎。从这一角度来说，实名制把未成年人推进了黑网吧，对正规网吧的形象也会产生很大的负面影响。
3、个人隐私保护问题：
与实名上网卡相比，二代身份证刷卡系统在个人隐私保护方面似乎安全性更高。但事实上却恰恰相反。使用二代身份证刷卡系统实名制后，顾客每次上网都要刷身份证，身份证信息就被采集到网吧的系统中。网吧工作人员如果将顾客这些信息泄露出去，网吧面临的结局可想而知，个人隐私保护引发的问题成为网吧实名系统的又一大弊端。
