中小企业由于经营规模较小，资本实力较差，发展时间一般不长，受宏观经济环境和自身因素影响，在财务管理上，主要存在以下问题：
（一）财务制度方面
1. 财务制度不够重视，内部财务制度残缺不全
中小企业财务管理制度内部控制不完善，多数中小企业中无内部控制制度或不够全面，没有覆盖企业的所有部门及环节，没有渗透到各个业务领域和各个操作环节，没有做到账、钱分管原则，中小企业货币资金和有关账簿的管理混乱。没有明确职责权限、实行职务分离，没有明确企业各级管理部门和人员各自的职能和责任。加强内部控制，为了保证业务活动的有效进行，保护资产的安全和完整，防止、发现、纠正错误与舞弊，保证财务资料的真实、合法、完整。
2.财会人员业务素质偏低，高级财务管理人员缺乏创新理念
财务管理方面高素质财务管理人员缺少,是影响中小企业财务核心作用难以很好发挥的主要问题。大多数中小企业普遍注重对科研技术人员的培养,而对管理人员的素质提高重视不够,对会计人员重使用轻培养,会计人员满负荷地工作只能使其被动地处理日常事务,却很难有时间和精力主动钻研深层次的管理问题,对介入财务管理心有余而力不足,不能正确处理财务管理与会计核算的关系。
（二）财务管理方面
1. 财务控制薄弱，缺乏科学性
中小企业财务控制薄弱主要表现在：第一、存货控制不严，造成资金停滞。在日常管理工作中，对存货的管理比较薄弱，存货占用资金较大，期末存货占用资金往往是销售收入的两倍以上，由此而来造成资金成本高，资金停滞、周转迟缓。第二、应收账款控制不严，造成资金回笼困难。对于应收账款缺乏严格的管理制度，主要存在以下问题：一是没有严格的赊销政策；二是回收期过长，又缺乏有力的催收措施；三是应收款项不能回收造成坏账。上述问题的存在，导致应收账款周转速度明显减慢，而且会造成资金和效益上的损失。第三、资金管理不严，造成资金的闲置或不足。大致有两种类型：一种企业认为现汇越多越好，在这种情况下资金长期闲置，不能参加生产经营周转；另一种企业恰恰相反，资金长期短缺，使用没有计划，将流动资金用来大量购置固定资产，无法应付经营急需的资金，使企业陷入财务困境。第四、重资金不重财物，造成资产损失浪费严重。多种经营企业大多数的管理者，很重视对资金的管理，建立了一整套的管理办法，收支严格，保管妥善，出了差错及时查找。而对存货（原材料、在产品、半成品、成品）、低值易耗品和固定资产等的管理却不严，虽然也建立许多相应的办法和制度，但和资金管理相比存在着保管不善，损失浪费严重等问题。
2. 筹资困难，资金严重不足
目前我国中小企业步建立了较为独立、渠道多元的融资体系，但是，融资难担保难仍然是制约中小企业发展的最突出的问题。据统计我国300万户中小企业获得银行信贷支持的仅占10％左右。
其主要原因：
第一，负债过度，融资成本高、风险大。造成中小企业信用等级低资信相对较差。
第二，国家没有专设中小企业管理扶持机构，国家的优惠政策未向中小企业倾斜使之长期处于不利地位。
第三，大多数中小企业非国有企业，有些银行受传统观念和行政干预的影响。对其贷款不够热心。
第四，缺乏财务管理战略。大部分企业的财务管理仍处于记账管理阶段。
3. 项目投资缺乏科学论证
一是中小企业缺少投资所需资金。中小企业资金的主要来源渠道为银行和其它金融机构，但他们吸引金融机构的投资或借款比较困难。银行即使同意向中小企业贷款，也因高风险而提高贷款利率，从而增加了中小企业融资的成本。
二是追求短期目标。由于自身规模较小，贷款投资所占的比例比大企业多得多，所面临的风险也更大。所以它们总是尽快收回投资，很少考虑扩展自身规模。
三是投资盲目性，投资方向难以把握。项目的投资规模、资金结构、建设周期以及资金来源等缺乏科学的筹划与部署，对项目建设和经营过程中将要发生的现金流量缺乏可靠的预测。一旦国家加大宏观调控力度，收紧银行信贷，使得建设资金不能如期到位，企业就面临进退两难的境地，甚至造成巨大经济损失。
（三）管理理念老化，管理方式僵硬
如今，中小企业中大部分属于个体、私营性质，在这些企业中，企业领导者，投资者集权、家族化管理现象严重，并且对于财务管理的理论方法缺乏应有的认识，致使其职责不分，越权行事，造成财务管理混乱，财务监控不严，会计信息失真等。大多数中小企业典型的管理模式是所有权与经营权的高度统一，企业的投资者就是经营者，这种模式给企业的财务管理带来了负面影响。企业没有或无法建立内部审计部门，即使有，也很难保证内部审计的独立性。企业管理者的管理能力和管理素质差，管理思想落后。有些企业管理者基于其自身的原因，没有将财务管理纳入企业管理的有效机制中，缺乏现代财务管理观念，使财务管理失去了它在企业管理中应有的地位和作用。
