一、总公司和分公司是独立核算的，双方挂个往来账核算就可以。
注：独立核算单位的特点是：在管理上有独立的组织形式，具有一定数量的资金，在当地银行开户；独立进行经营活动，能同其他单位订立经济合同；独立计算盈亏，单独设置会计机构并配备会计人员，并有完整的会计工作组织体系。
二、若不是独立核算，则需要设置企业所得税税种，按照法人企业申报缴纳企业所得税。
扩展资料：
会计做账也称会计实务，指会计进行账务处理的过程，一般从填制凭证开始到编制报表结束的整个过程。在过去计划经济年代里，会计只是被动的执行国家规定完成上述过程就可以，随着市场经济不断完善。经济业务不断创新，如何更准确、更合理地处理每一笔业务成为很多会计必修的一门技术。至此，会计作账就被赋予特殊的意义，不再局限过程而是解决如何做的更好。
参考资料：百度百科会计做账
