《神笔马良》 细致的美工，诚意的制作，深刻而又易懂的道理蕴含其中。经典水墨的表达形式是老一辈中国动画人们，无私奉献，不求回报，用自己满腔的热情只为换来孩子天真的笑脸，用那一祯祯的动画告诉孩子们人生中蕴含的哲理，用那绽放着光芒的油彩谱写着那个只属于孩子们的时光的书本。
神笔马良的神笔，就如同机器猫的胸前口袋，或者是能够记录梦境的鹅毛笔，还或者是弗罗多要去毁灭的魔戒，满足了人们对于欲望的一种美好想象。但是，这些上天赐予的万能的宝物，也助长了大枣简肆生长的欲望。
有节制的宝物才显得珍贵，如一份只能满足三次愿望的宝物（悟空的三根猴毛）。如此看来，马良对于神笔的利用，不是滥用，不是无节制的满足私欲，所以才能把神笔运用的挥洒自如。
与时代语境之下，本片的主题其实是人们利用智慧对封建权贵的抵抗。一厅哗个权贵下了台，新的权贵走上来。当时的革命者，晃身一变，竟成了作威作福的老爷气派。从这个角度来讲，某个十年的造反，实际上是最高层对新权贵的一种担忧以及伴随压制。
革命的主题，还是披了民扮岩行间叙事的外衣。昏聩的官僚，善良穷苦的马良和劳动人民。在技术上，木偶戏还未达到成熟，即如有人只指出，身体可以动，而面部表情还是僵化的。
