1、法律依据不同
“QS”法律依据是《工业产品生产许可证管理条例》，随着食品监督管理机构的调整和新《食品安全法》的实施，《工业产品生产许可证管理条例》已不再作为食品生产许可依据。“SC”依据《中华人民共和国食品安全法》、《中华人民共和国行政许可法》等法律法规制定。
2、明确一企一证原则
即同一个食品生产者从事生产活动，取得一个生产许可证。
3、管理部门权限增加
可根据食品类别和食品安全风险状况，确定市、县级食品药品监督管理部门的食品生产许可管理权限；负责保健食品、特殊医学用途配方食品、婴幼儿配方食品的生产许可；对地方特色食品等制定食品生产许可审查细则。
4、主体资格扩大
企业法人、合伙企业、个人独资企业、个体工商户等，凡是以营业执照载明的主体都可作为申请人，囊括了个体工商户这一群体。
5、查询“SC”编码可知道6类信息
“SC”是“生产”的汉语拼音字母缩写，后跟14个阿拉伯数字，从左至右依次为：3位食品类别编码、2位省(自治区、直辖市)代码、2位市(地)代码、2位县(区)代码、4位顺序码、1位校验码。
“SC”编码代表着企业唯一许可编码，即食品生产许可改革后将实行“一企一证”，包括即使同一家企业从事普通食品、保健食品和食品添加剂等3类产品生产，也仅发放一张生产许可证。这样就能够实现食品的追溯。
此外，新的食品生产许可类别的划分上变化较大，现在共分为31大类，其中：1类为保健食品，另30类为普通食品。改革前的28大类保留，但增加特殊医学用途配方食品、婴幼儿配方食品等两大类。
7、许可证有效期增长
由3年增加到了5年。
8、许可证载明事项增多
日常监督管理机构与人员、投诉举报电话、发证机关、签发人、发证日期、二维码等信息。
9、许可证摆放强调正本
食品生产者需在生产场所的显着位置悬挂或摆放食品生产许可证正本，以往并无“正本”要求。
10、换证程序有所简化
申请人声明生产条件未发生变化的，县级以上地方食品药品监督管理部门可以不再进行现场核查。
11、补办证书降低要求
以往企业需在省级以上媒体发布声明，并及时申请补证。现在可提交在县级以上地方食品药品监督管理部门网站，或在其它县级以上主要媒体刊登遗失公告。
12、监督检查力度更强
县级以上地方食品药品监督管理部门将“食品生产许可颁发、许可事项检查、许可违法行为查处等情况计入食品生产者食品安全信用档案，并依法向社会公布；对不良信用记录的食品生产者，增加监督检查频次。必要时应当依法对对相关食品仓储、物流企业进行检查。
13、法律责任更加明晰
①许可申请人隐瞒或提供虚假材料，警告后1年不得再次申请食品生产许可。
②被许可人以不正当手段取得食品生产许可，则撤销许可，处1~3万元罚款并3年内不得再次申请食品生产许可。
③食品生产商涂改、伪造、出借、转让、出租、倒卖食品生产许可证等，处1~3万元罚款。未按规定悬挂或摆放食品生产许可证，责令改正。
④未按规定申请变更食品生产许可证者，给予警告，拒不改正则处2000~1万元罚款；未按规定申请办理注销手续的，给予警告，拒不改正则处2000元以下罚款。
⑤被吊销生产许可证的食品生产者及法定代表人、直接负责人自处罚决定作出之日起5年内不得申请食品生产经营许可，或从事食品生产经营管理工作、担任企业食品安全管理人员。
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