2001年实行县镇机关、事业单位机构改革和农村税费改革、村组撤并，撤销建湖镇、裴刘镇，分别并入近湖镇和芦沟镇，江苏省建湖经济开发区单独列编；
2010年，撤销钟庄镇，并入江苏省建湖经济开发区，撤销冈东镇、草堰口镇，并入上冈镇；
2012年，江苏省建湖高新技术产业开发区、城南新区、九龙口旅游度假区陆续成立。2014年，撤销近湖镇，设立近湖、钟庄、塘河3个街道办事处。建湖县共辖3个街道办事处、11个镇、4个区，街道、镇、区下辖200个村、47个居委会，1360个村民小组。截止2014年，建湖县所辖18街道、镇、区名录：近湖街道、钟庄街道、塘河街道、建阳镇、九龙口镇、恒济镇、颜单镇、沿河镇、芦沟镇、庆丰镇、上冈镇、冈西镇、宝塔镇、高作镇、城南新区、江苏省建湖经济开发区、江苏省建湖高新技术开发区、九龙口旅游度假区。
2014年4月，辖3个街道办事处、11个镇、1个城市功能区（城南新区）、1个经济开发区、1个高新区和1个旅游度假区。江苏建湖县在加快产业结构调整中，大搞水、田、林、路综合治理，改善农业生产条件，紧紧抓住节水灌溉、退耕还林、开荒复垦等重点，推行目标管理责任制，重大项目建设决策由环保部门提前介入，提出参考意见，确因环保和生态问题“一票否决”，就停止建设。
建湖县累计投入污染治理资金5000多万元，先后关、停、转、迁污染重、耗能高、效益差的重污染企业50多家。同时，还注重把生态建设与培植主导产业紧密结合起来，优选具有特色和竞争力的主导产品进行重点开发。
已培植和建成了8大生态经济模式，其中以完善农田林网为主的综合开发型、以间作套种为重点的立体种植型、以农副产品深加工为特色的生态工厂型等生态经济模式。开发建设的“建麦1号”、“九龙口”河蟹、恒济河藕等绿色食品已占建湖县农业总产值的五分之三。2011年上半年建湖县用于改善民生的财政性投入达14.8亿元，同比增长40.3%。坚持创业富民、就业惠民，新发展私营企业2700多户、个体工商户近1.7万户，新增注册资本85.9亿元；新增就业7100多人、下岗失业再就业2400多人。围绕“五有”目标，加强社会保障体系建设，上半年基本养老保险参保8.9万人，医疗保险参保7.4万人，新增新农保参保6000人。加快保障性住房建设，新建廉租房、经济适用房3.2万平方米，城区低收入居民住房困难得到有效缓解。扎实做好城乡低保扩面提标工作，新增城乡低保2300多人。社会事业协调发展，建湖县被评为中国科普示范县、江苏省人口协调发展先进县、江苏省有线电视示范县，建湖县杂技团节目《斗士》获得第八届中国杂技大赛银奖，建湖县统计局科技投入专项统计调查获得中国表彰。社会管理全面加强，扎实开展食品安全专项治理，切实做好信访工作，积极开展领导干部下访“金桥行动”，化解了一批信访积案，信访稳定工作走在全市前列。大力推进平安建湖、法治建湖建设，建湖县被评为中国“五五”普法先进县。
2012年，建湖县金融机构各项存款余额232.81亿元，比年初增加33.46亿元，增长16.79%，其中单位存款余额65.98亿元，比年初增加3.04亿元，增长4.83%；储蓄存款余额162.16亿元，比年初增加28.56亿元，增长21.37%。年末各项贷款余额171.86亿元，比年初增加33.12亿元，增长23.88%。
