阿米巴经营模式是把企业分成若干个小单元，以“巴长”为核心，最终实现全体成员共同参与经营。划分阿米巴，首先必设置确切的组织架构，其次必须从“粗”到“细”。
推行阿米巴的初期，不宜将公司组织划分得太细。因为要对每个阿米巴单元进行独立核算，则必然涉及与相关阿米巴单元的定价问题，再加上每个阿米巴单元需要根据市场情况进行不断的重组或合并等，其协调过程是比较繁琐的，还有企业人才是否充足等因素。因此，阿米巴经营模式的推行是一个由“粗”到“细”的过程，欲速则不达，在刚开始一定要量力而行。否则其内部交易运作成本就大于总体收益，这样就得不偿失了！
从宏观到微观阿米巴的组织体系可以分为：整个企业、事业部、SBU/部门、工段工序等不同层级水准的阿米巴。因此，首先必须设置好事业部、部门等大阿米巴，再进行细分组织方可起到有效作用。
所谓确切的组织架构就是要与经营策略相匹配。能贯彻经营方针和经营者的经营意志，是划分阿米巴组织的前提。
行业及企业发展的不同阶段、业务构造等不同，对阿米巴单元的划分就不同，即使是同一行业，各企业也有自己的方式。但是，无论何种方式划分都要格外慎重，每个分出的阿米巴单元都必须符合四个基本条件：
（1）收入来源明确，为获取这些收入而产生的支出能够清晰计算。如：一般中小企业职能部门由于没有对外进行销售的业务，因此不能作为阿米巴独立出来；但对于大的集团企业，其有些职能部门如海尔大学培训部，既为自己内部提供服务，同时以其独特专业优势也为外部提供服务，就可以作为阿米巴。
（2）能够贯彻公司整体的目标和方针。如：一家企业有两个项目，其中一个是新项目，已经进行了初期投资。这时新项目尚不能划分成阿米巴单元进行独立核算，因为此时除了一把手没有其他的人能对此项目负责，还不能完全贯彻公司整体的目标和方针。
（3）具备独立完成某项业务的能力。如：项目制销售往往有客户信息收集、需求了解、标书制作、投标公关、工程服务、收款，整个过程紧密相关联，如果不能独立完成业务，就不能将其项目下属的每个单位都划分成阿米巴单元。
（4）具有可以被授权的阿米巴巴长人才。阿米巴的经营本质是量化授权的经营，因此划分阿米巴之前必须有可以被授权的经营人才存在。
