（1）局部治疗。主要目的是消炎止痛，促进溃疡愈合。治疗方法较多，根据病情选用。
①含漱剂。0.25% 金霉素溶液，1 ∶ 5000 氯己定溶液，1 ∶ 5000高锰酸钾溶液，1 ∶ 5000 呋喃西林溶液等。
②含片。杜米芬含片，溶菌酶含片，氯己定含片。
③散剂。冰硼散、锡类散、青黛散、养阴生肌散、黄连散等是中医传统治疗口腔溃疡的主要药物，此外，复方倍他米松撒布亦有消炎止痛促进溃疡愈合作用。
④ 药膜。其基质中含有抗生素及可的松等药物，用时先将溃疡处擦干，剪下与病变面积大小相近的药膜贴于溃疡上，有减轻疼痛、保护溃疡面促进愈合的作用。
⑤ 止痛剂。如0.5% ～ 1% 普鲁卡因液，0.5% ～ 1% 达克罗宁液，0.5% ～ 1% 丁卡因液，用时涂于溃疡面上连续2 次，用于进食前暂时止痛。
⑥烧灼法。适用于溃疡数目少面积小且间歇期长者。方法是先用2% 丁卡因表面麻醉后，隔湿擦干溃疡面，用一面积小于溃疡面的小棉球蘸上10% 硝酸银液或50% 三氮醋酸酊或碘酚液放于溃疡面上，至表面发白为度，这戚滑些药物可使溃疡面上蛋白质沉淀而形成薄膜，保护溃疡面促进愈合。操作时，应注意药液不能蘸得太多，不能烧灼邻近健康组织。
⑦局部封闭。适用于腺周口疮。以2.5% 醋酸泼尼龙混悬液0.5 ～ 1ml 加入1% 普鲁卡因液1ml，注射于溃疡下部组织内，每周1 ～ 2次，共用2 ～ 4 次，有加速溃疡愈桐弯合作用。
⑧激光治疗。用氦氖激光照射，可使黏膜再生过程活跃、炎症反应下降、促进愈合，治疗时照射时间为30 秒～ 5 分钟，一次照射不宜多于5 个病损。
（2）全身治疗。因病因尚不清楚，治疗效果不够理想。
①免疫抑制剂。目前认为，本病与自身免疫性疾病有关。近年来，试用免疫抑制剂治疗部分病例有一定效果。若能经检查确定为自身免疫性疾病，采用免疫抑制剂则有明显疗效。常用药物为肾上腺皮质激素：泼尼松每片5mg，地塞米松每片0.75mg，每日3 ～ 4 次，每次1 片，5 天后病情控制则减量，每日减5 ～ 10mg，总疗程为7 ～ 10天后停药。如疗程长，为防止感染扩散应加用抗生素。对严重白塞综合征，可住院后给予氢化可的松100mg，或地塞米松5mg 和四环素1g 加入5% ～ 10% 葡萄糖液中，静脉滴注，病情好转后逐步减量。
对有胃溃疡、糖尿病活动期肺结核的患者应禁用或慎用。
②免疫调节剂和增加剂。
左旋咪唑：用于需增强细胞免疫作用者。成人每日3 次，每次50mg，连服2 日，停药5 日，2 ～ 3 个月为一疗程。常见的副作用有头痛、疲乏、关节酸痛等，少数病例可发生粒细胞减少，在治疗过程中应定期做血常规检查。
丙种球蛋白：适用于体液免疫功能减退者。在溃疡急性期时肌内注射1 支（3ml），必要时1 周后可再注射3ml，不宜长期使用，因使用过多反造成人体免疫反应的抑制，称反馈抑制。
转移因子：可将免疫功能转移给无免疫力的机体，以恢复其免疫功能。适用于细胞免疫功能降低或缺陷者。1ml 内含5×109 白细胞提取物，注射于淋巴回流丰富的部位，如腋下或腹股沟处之皮下每次1ml，每周1 ～ 2 次，10 次为一疗程，一般用一疗程即可。
维生素：维生素类药物可维持正常的代谢功能，促进病损愈合，在溃疡发作时给予维生素C 0.1 ～ 0.2g，每日3 次，复合维生素B 每次1 片，每日3 次。
女性激素：女性发病与月经周期有关者，可慎用雌激素己烯雌酚0.1mg，每晚服1 次，自月经后5 天起连服20 天。
微量元素：有血清锌含量降低者。补锌后病情有好转，可用1%硫酸锌糖浆，每次10ml，每日3 次；或硫酸锌片，每片0.1g，每次1 片，每日3 次。维酶素为核局仔闷黄素衍生物，含有人体所必需的多种维生素、氨基酸、微量元素及一些辅酶，对有胃肠道疾病患者有一定效果，可促进溃疡愈合，每次1g，每日3 次，无副作用可较长期服用。
中医辨证治疗：阴虚火旺者治宜滋阴清热，加用六味地黄丸、一贯煎、甘露饮等方剂加减，脾胃伏火者治宜清胃降火，如用清胃散、凉膈散等加减，亦可应用活血化瘀类药物，如复方丹参片等可改善病情。
