日本使领馆向前往日本学习的自费留学生签发的签证有两种：一种是4-1-16签证，一种是4-1-16-3签证。
一、办理4-1-16签证程序
1、日本保证人将《入学通知书》和《在留资格认定书》寄给申请人，由申请人持上述证件向公安机关申请护照。
2、申请人取得护照后，具备下列材料就可向日本大使馆申请留学签证。
（1）留学理由书。详细填写去日本学习的目的和选修的学科，一式两份。
（2）个人履历书。从小学填起，一式两份。
（3）誓约书。一式两份，式样内容由日本使馆提供，申请人照抄一遍后签名即可。
（4）填写日本入境签证申请表。一式两份。
（5）经公安机关出具的申请人与保证人关系的证明。
（6）申请人最后学校的毕业证书。
（7）录取学校的入学通知书。
（8）身元保证书。须写明保证申请人在日学习期间的旅费、学费和生活费，并保证申请者遵守日本法律并按期返国。一式两份。
（9）保证人的纳税证明书。
（10）申请人的护照和免冠近照5张。
3、将上述材料准备好后，送日本使馆，日本使馆便会受理申请。如果保证人已为申请人办理了《在留资格认定证明书》并一同送交大使馆，便会立刻获得留学签证。否则需要等候3个月时间。
二、办理4-1-16-3签证程序
1、申请人通过保证人向拟前往的日本语言学校申请入学许可证。
2、由保证人持入学许可证，向入国管理局申请办理"就学事前审查"手续。
3、入国管理局经审核，批准后就发给保证人一份"就学生入国事前审查终了证"，再由保证人寄给申请人。
4、申请人持"就学生入国事前审查终了证"和其他手续向公安机关出入境管理部门申请办理出国护照。
5、向日本驻华使领馆索取"入境签证申请表"、"亲属关系表"、"誓约书"。
6、填好使、领馆提供的表格，并书写一份就学理由书、个人履历书。
7、将以上证明材料一并寄给日本驻华大使馆或领事馆办理签证，很快就可得到签证。
扩展资料：
日本留学签证的审核重点
一、家庭经济支付能力
家庭经济支付能力成审查重点留学申请者的家庭经济支付能力更受重视。而经费支付人证明自身经济能力的相关公共机关出具的各类证明被严格审查。
二、语言能力水平
以往申请赴日留学特别是读语言类学校的申请者，在赴日前的日语水平通常要求只要具备150-200的日语学时数即可。但是由于近年来屡次出现申请者赴日前所出具的日语学时证明与实际日语能力不相符的情况，加之国内一些语言培训机构受利益驱使，虚开学时证明的现象频发，失去了诚信度。鉴于上述情况，日本签证审核加强了这方面的力度。
从近年的签证整体情况分析，从下一年度开始，除学时证明外，日本留学申请者将可能被明确要求提交日语水平测试机构出具的相应测试证明。除了日语能力水平测试(JPT)外，J.TEST考试(日本托业考试)将被更广泛地采用。因为相对于日语水平能力测试(JPT)，该考试在考试时间上更利于学生选择。
三、申请材料的真实性
日本签证一般分为两部分：首先必须取得日本法务省入国管理局签发的《在留资格认定证明书》(简称“在留”)，只有持有在留的申请者才有资格向各使领馆提交最终签证申请。按照惯例，由于日本入管局人手资金方面的局限性，在留审核阶段，一般主要以书面审核为主，多半不进行电话调查。对申请者本身或申请者经费支付人的相关调查一般由各使领馆进行。
但是，今年日本在第一审核阶段就加强了这方面的审核力度，一些地域的入管局更是投入大量经费，雇佣大量翻译从日本对申请者或经费支付人直接进行相关调查。所以，在此提醒留学申请者切勿抱有侥幸心理，提交与自身实际相符的申请材料是成功获取签证的保障。
参考资料来源：百度百科-日本留学签证
