性质 国立大学是由国家出资承办隶属日本文部省，不以盈利为目的，现已过渡给为学校法人。私立大学是以盈利为目的的，个人或财团出资建设的学校。
排名 在日本排名来看，目前国立大学和私立大学没有任何的区分。
入学考试 在入学方面，国立大学要求必须参加留学生考试，而私立大学是独立的设立考试和考点。
入学金与学费 国立大学的学费全日本都是统一的，国立大学的入学金(仅第一年支付)是
28.2万日元，学费(每年支付)是53.6万日元;私立大学的学费可以自行设置，根据专业各有不同，一般入学金在25—35万日元左右，学费在90—140万左右。医科、齿科、药科和艺术的课程则偏高。国立大学约有90%的留学生学费全免，私立大学也有部分优秀生可以申请到学费全免。
企业交流 国立大学大多历史悠久，正规传统学术风浓厚，师资实力强，学生可以获益颇丰。但是与企业的交流相对较少。名校例如东京大学、一桥大学等;
私立大学由个人或私人财团出资建设，基础设施现代化;学风开放自由，能够充分体现个人特性;并且与企业的交流较多，学生名企就业率相当高。名校如早稻田大学、庆应艺塾大学(日本私立双雄)
综上所述，日本国立大学和私立大学都各有利弊，学校的选择还是要从自身的实际情况以及家庭经济条件判断的。
