1、可以抵扣，三证合一的纳税人变更了税号，旧税号时取得的专用发票可以继续认证抵扣，包括扫描认证和在发票确认平台勾选认证；如果认证以后申报时一窗式比对不符，需要到大厅人工比对，手工清卡。也有的地区税务机关要求先把旧税号时取得的专用发票认证完了再去做变更，具体情况按主管税务局的要求执行。
2、三证合一简介：依托企业注册登记并联审批平台，按照“一表申请、一窗收件、并联审批、核发一照”的模式，将营业执照、组织机构代码证和税务登记证由工商、质监、税务分别办理、各自发证（照），改为由申请人一表申请，政务服务中心综合窗口统一收件，工商、质监、国税、地税数据共享、并联审批、限时办结、核发一照。申请人申请“三证合一”的，核发组织机构代码证和税务登记号的营业执照。
