呼和浩特铁路局所在地，京包铁路、集包第二双线途经呼和浩特市，有始发北京、成都、兰州、满洲里、乌兰浩特、通辽、赤峰、锡林浩特、二连浩特、西安、大同、临汾的列车，还有通往天津、哈尔滨、沈阳北、杭州、武昌、广州、石家庄、西安、银川、青岛、南昌等的列车，管内始发乌海西、二连浩特、东胜的列车，基本覆盖全国城市。呼和浩特铁路局每周三、四有发往蒙古国乌兰巴托的国际列车。从呼和浩特乘坐火车最远能够抵达德国法兰克福。
有两大客运站，呼和浩特站成立于1954年；呼和浩特东站2010年12月25日正式投入运营。呼和浩特火车东站自2006年9月开工以来，经过4年建设，形成一座现代化大型客运站。
计划建设的呼张高铁为双线电气化高速铁路，设计正线全长286公里，其中河北省境内76公里，内蒙古自治区境内210公里。列车设计行车速度为250公里/小时。由铁道部与内蒙古、河北省共同筹资建设，2014年开工，预计2017年建成。该客运专线东起河北省张家口市，经内蒙古乌兰察布市，西至呼和浩特市，除张家口南站外，设有怀安站、兴和北站、乌兰察布站、卓资东站、呼和浩特东站等5个车站。呼张铁路客运专线建成后将成为华北地区东西向的一条重要交通枢纽。呼和浩特白塔国际机场是内蒙古第一大航空枢纽，位于市区东南15公里处，航线基本覆盖全国各大省会城市及中小城市；区内形成以呼和浩特白塔国际机场为中心辐射全区鄂尔多斯、赤峰、通辽、锡林浩特、乌海、乌兰浩特、海拉尔、满洲里等区内除包头外所有城市航线。机场飞行区等级为4E级，有一条长3600米，宽45米的跑道，原有跑道被延长改为平行滑行道，5万平方米的候机楼可以满足高峰时刻900人次/小时，2013年旅客吞吐量为615万人次。截至2013年，白塔机场经营航线132条，其中，国内航线125条，国际及地区航线达7条，通航城市63个。
计划建设4F级新机场——呼和浩特盛乐国际机场，可降落空客A380等特大型飞机，选址工作已经完成，2017年后投入使用。
2014年4月28日，台湾远东航空公司在内蒙古呼和浩特市召开新闻发布会，宣布由台湾远东航空公司执机的“台中—呼和浩特”航线将于2014年5月28日开通。这将是呼和浩特至台中开通的首条航线。公交以市区为中心辟有90多条公共汽车线路，通往城区各地。有五千余辆出租车，遍及城市公共场所及大街小巷，昼夜服务。
呼和浩特开通了青城1号、青城2号两条免费公交车和K1、K2、环1、环2快速公交车。2013年呼和浩特市又开设了公共自行车网点，极大满足了市民的出行要求，地铁H1、2号线已通过环评已开工建设。轨道交通受环境保护部委托，环境保护部环境工程评估中心于2012年12月1～2日在呼和浩特市主持召开了《呼和浩特市地铁一期工程（1号线）环境影响报告书》技术评估会。
一期工程（H1线）车站列表地铁一期工程站点：火车东站、如意大桥站、乌兰恰特大剧院站、丰州路站、展览馆站、长乐宫站、维多利广场站、鼓楼将军衙署站、博物馆站、新华广场站、新华桥（附院）站、植物园站、西龙王庙站、光明大街西站、海拉尔西街站、利丰汽车广场站、西二环路站、金川大桥站、金川文化广场站、工业大学金川校区站。
