金陵科技学院有很多专业比南京工程学院好，当然也有很多专业不如南京工程学院。
1、金陵科技学院强的专业：会计学、财务管理、金融学、国际贸易、行政管理、旅游管理、古籍修复等文科类专业；计算机科学与技术、软件工程、电子信息工程、通信工程、土木工程、建筑学、建筑电气与智能化等工科专业；动漫、服装设计、艺术设计、数字媒体等艺术类专业；南京工程学院没有，而金陵科技学院有的专业：园艺、动物科学、园林、动物医学等农学类专业
2、南京工程学院强的专业：电气工程及其自动化、自动化等电气类专业；机械设计制造及其自动化等机械类专业；动力工程等动力类专业。
从学校整体的排名上来说，南京工程学院比金陵科技学院要强，在江苏省纯二本院校（14所)中，南京工程学院排第一名、金陵科技学院排在3-4名。
