二进制是用来干嘛的，是用来编程的吗？

二进制本质上仅仅是一个数值编码方式而已。与编程语言本身没有直接的联系。
不过，早期的计算机确实是使用二进制来编码的，当时使用的媒介是纸带，每隔一段距离算一个bit，如果打孔了就认为是1或者0。
至于说和java和C的区别，显而易见的是，你想学java时的难度一定是低于学二进制编码的。
二进制依然可以用来编程，不过是使用机器语言，是比汇编更低级的语言（不是说级别低级，是指更接近机器）。而java，C则是更高级的语言。但是事实上，所有的编程语言（包括汇编）最后都会翻译成二进制来执行。