乙肝和其它疾病不同，并非越早治越好。乙肝可按病程分为五期，依次为免疫耐受期（无症状，肝功正常，病毒携带期）、免疫启动期（无症状或轻微症状，
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，慢性迁移型肝炎表现）、免疫清除期（病毒清除期，免疫损害阶段，可急性肝炎、慢性活动型性肝炎、重型肝炎表现）、免疫平衡期（病毒复制停止或静止，病情稳定或痊愈）、免疫失衡期（免疫逃逸或免疫紊乱状态，“小三阳”居多，表现为反复发作的慢性肝炎、活动期肝硬化、肝癌）。免疫耐受期不宜抗病毒治疗，免疫启动期可酌情抗病毒治疗，免疫清除期是抗病毒治疗的最佳时机，免疫平衡期可酌情巩固抗病毒治疗，免疫失衡期抗病毒治时期不仅要延长甚至需要终身治疗。
乙肝治疗目的是：⑴增强免疫系统功能，有效抵御感染；⑵阻止乙肝病毒复制；⑶阻止肝脏损害；⑷刺激免疫系统产生e抗体；⑸产生表面抗体，乙肝痊愈；⑹长远目标是防止肝硬化和肝癌。
乙肝治疗需要多长时间：⑴基本治疗终点：不论是“大三阳”或“小三阳”都必须实现HVBDNA检测不到，这个终点相对比较容易。目前的抗病毒，不管是核苷类似物或者干扰素，都有相当比例的患者可以达到这个终点。⑵满意的治疗终点：HBVDNA转阴和e抗原转换成e抗体、转氨酶稳定正常，通过合理的治疗，相当一部分患者能够实现此目标。⑶理想的治疗终点：HBVDNA转阴和表面抗原转换成表面抗体，在实际治疗过程中，仅有很少比例能达到这个终点。慢性乙型肝炎难治是一个不争的事实，但并非完全治不好，所以说乙肝治疗绝不是“不归路”，正因为有了上述终点，乙肝治疗不再是“遥遥无期”。
