向最高人民法院申诉与申请再审有以下五种区别：
一、提交诉状不同
1、刑事申诉
根据《刑事诉讼法》解释第三百七十二条的规定，向人民法院申诉，应当提交申诉状，写明当事人的基本情况、联系方式及申诉的事实与理由。因此，对于刑事申诉，申诉人应当向人民法院提交“刑事申诉状”。
2、行政申诉
对于行政申诉应提交的诉状，我国《行政诉讼法》没有作出规定，理应提交的是“行政申诉状”。但是《行政诉讼法》解释却没有申诉的规定，而是在第七十三条用“申请再审”来表述。因此，对于不服生效的行政判决、裁定，向人民法院提交“行政申诉状”或“行政再审申请书”均可。
3、民事申请再审
按《民事诉讼法》第二百零三条的规定，当事人申请再审，应当提交再审申请书。因此，对于民事申请再审，应当提交“民事再审申请书”。若当事人提交的是“民事申诉状”，应向其释明让其更改为“民事再审申请书”。
二、申请主体不同
1、刑事申诉
按《刑事诉讼法》第二百四十一条的规定，有权提起申诉的人是当事人及其法定代理人、近亲属。按《刑事诉讼法》解释第三百七十一条第二款的规定，案外人认为已发生法律效力的判决、裁定侵害其合法权益的，可以提出申诉。
因此，有权提起刑事申诉的主体有当事人及其法定代理人、近亲属以及案外人。
2、行政申诉
按《行政诉讼法》及其解释的规定，有权提起行政申诉的只有当事人，案外人不可提起行政申诉。
3、民事申请再审
按《民事诉讼法》第一百九十八条的规定，有权提起民事再审申请的是当事人。
根据《最高人民法院关于适用<中华人民共和国民事诉讼法>审判监督程序若干问题的解释》第五条的规定，案外人对原判决、裁定、调解书确定的执行标的物主张权利，且无法提起新的诉讼解决争议的，可以向作出原判决、裁定、调解书的人民法院的上一级人民法院申请再审。
因此，有权提起民事再审申请的有当事人及案外人。
三、申请客体不同
1、刑事申诉
根据《刑事诉讼法》第二百四十一条，刑事申诉的客体是发生法律效力的判决、裁定。
2、行政申诉
根据《行政诉讼法》第六十二条及《行政诉讼法》解释第七十三条，行政申诉的客体是发生法律效力的判决、裁定，以及有证据证明调解违反自愿原则或调解协议内容违反法律规定的生效行政赔偿调解书。
3、民事申请再审
根据《民事诉讼法》第一百九十九条及二百零一条的规定，民事申诉再审的客体是已经发生法律效力的判决、裁定，以及有证据证明调解违反自愿原则或调解协议内容违反法律的生效调解。
根据《民事诉讼法》意见第208条的规定，对不予受理、驳回起诉的裁定，当事人可以申请再审，而根据《民事诉讼法》意见第207条、209条以及《最高人民法院关于规范人民法院再审立案的若干意见（试行）》第十四条的规定，以下民事案件的再审申请不予受理：
（1）人民法院依照督促程序、公示催告程序和破产还债程序审理以及依照审判监督程序审理后维持原判的案件；
（2）人民法院裁定撤销仲裁裁决和裁定不予执行仲裁裁决的案件；
（3）人民法院判决、调解解除婚姻关系的案件，但当事人就财产分割问题申请再审的除外。
四、申请期限不同
1、刑事申诉
现行《刑事诉讼法》及其解释对刑事申诉的期限没有作出规定，但在《人民法院再审立案意见》第十条规定了刑事申诉一般在刑罚执行完毕两年内提出，有下列情况之一的，可以超过两年提出申诉：
（1）可能对原审被告人宣告无罪的；
（2）原审被告人在本条规定的期限内向人民法院提出申诉，人民法院未受理的；
（3）属于疑难、复杂、重大案件的。
2、行政申诉
根据《行政诉讼法》解释第七十三条的规定，对生效判决、裁定申请再审，应当在发生法律效力后二年内提出；但对生效的行政赔偿调解书，“可以在二年内”申请再审，没有规定起算时间。
根据《行政诉讼法》解释第九十七条规定，人民法院审理行政案件，除依照行政诉讼法和本解释外，可以参照民事诉讼有关规定。对生效民事调解书申请再审的起算时间，根据《民事诉讼法审判监督程序解释》第五条的规定，亦为发生法律效力后二年内。
因此，对生效行政赔偿调解书提出申诉，亦应在调解书发生法律效力后二年内提出。
3、民事申请再审
按照《民事诉讼法》第二百条、第二百零五条的规定，当事人申请再审，应该在判决、裁定发生法律效力后六个月内提出，以下情形，应该在知道或应当知道之日起六个月提出：
（1）有新的证据、足以推翻原判决、裁定的；
（2）原判决、裁定认定事实的主要证据是伪造的；
（3）据以作出原判决、裁定的法律文书被撤销或者变更的；
（4）审判人员审理该案件时有贪污受贿，徇私舞弊，枉法裁判行为的。
另外，根据《民事诉讼法审判监督程序解释》第二条的规定，当事人申请再审的六个月期限，不适用中止、中断和延长的规定。
对于案外人申请再审，根据《民事诉讼法审判监督程序解释》第五条的规定，“可以在判决、裁定、调解书发生法律效力后二年内，或者自知道或应当知道利益被损害之日起三个月内”提出申请再审。
因《民事诉讼法》已修改，对于案外人申请再审的期限，除了上述条款规定外，还不应超过民事诉讼法规定的最长期限即六个月，因此，案外人申请再审，应为“可以在判决、裁定、调解书发生法律效力后六个月内，或者自知道或应当知道利益被损害之日起三个月内提出。”
五、管辖法院不同
1、刑事申诉
根据《刑事诉讼法》解释第三百七十三条的规定，刑事申诉由终审人民法院审查处理。但二审法院裁定准许撤回上诉的案件，申诉人对一审判决提出申诉的，可由一审法院审查处理。
未经终审法院审查处理的疑难、复杂、重大案件也可由上一级人民法院审查处理。 根据《刑事诉讼法》解释第三百七十四条的规定，对死刑案件的申诉，可以由原核准的人民法院直接审查处理，也可以交由原审人民法院审查。
原审人民法院应当写出审查报告，提出处理意见，层报原核准的人民法院审查处理。
2、行政申诉
根据《行政诉讼法》第六十二条的规定，当事人可以向原审人民法院或上一级人民法院提出行政申诉。
3、民事申请再审
根据《民事诉讼法》第一百九十九条的规定，当事人可以向上一级人民法院申请再审；对于当事人一方人数众多或当事人双方为公民的案件，也可以向原审人民法院申请再审。
对于案外人申请再审，根据《民事诉讼法审判监督程序解释》第五条的规定，应当向做出原判决、裁定、调解的人民法院的上一级人民法院申请再审。
