2015年8月6日起，南京禄口国际机场正式开通手机微信值机、网上值机和一证通关服务。手机微信值机和网上值机能满足旅客可以随时、随地挑选座位的需求，尤其是遇到节假日等客流高峰更是可以省去许多时间。
微信值机：旅客打开微信，在公众号中搜索“南京禄口国际机场”加关注，即可进入南京禄口国际机场官方微信，在“航班服务”项中选择“微信值机”，通过身份证、护照号或电子客票进行登录办理值机，选择心仪座位，获取电子二维码。另外在微信中通过“航班查询”定制自己的当天航班，能享受航班延误通知、登机口变化、登机通知、催促登机等信息专享服务。需要提醒的是，微信值机开始时间为航班起飞前一天的08：00，结束时间为航班起飞前40分钟。
网上值机：用电脑打开机场官方网站（官网链接请点→ ），点“网上值机”，就进入网上值机页面，旅客可以选择身份证号、护照号和票号三种方式进行身份证件验证，办理网上值机，获取电子二维码和电子登机牌，旅客可将二维码保存至手机，或可打印二维码和登机牌。旅客可在16：00以后，办理次日南京始发的国内航班，网上值机在航班起飞前2小时停止办理。需要说明的是：机场微信值机和网上值机服务主要适用于乘坐国内航班的普通成年人，不含需办理特殊服务申请的旅客，如重要旅客、伤残旅客、残疾旅客、革命伤残军人和警察、孕妇、无人陪伴老人、特殊餐食等。儿童、婴儿和携带婴儿的成人旅客，以及乘坐中转联程、改签、未确定航班、航班代码共享航班的旅客也无法办理网上值机。
注意事项：如旅客已办理网上乘机登记手续，但因特殊原因临时取消乘机计划，务必于航班起飞时间120分钟前，自行登录网站办理取消乘机登记手续。如果旅客办理网上值机登记手续后，需要进行签转、退票等操作的话，先在网上值机上自行取消座位，之后进行后续相关操作。或者旅客可以直接到达相应机场，由机场值机柜台工作人员为旅客进行相关操作。如果有行李需要托运，旅客需在航班起飞前1.5个小时到达机场柜台办理。
一证通关：旅客只需带好手机电子二维码和身份证等，在机场国内安检15或16手机值机专用通道，按安检员提示操作即可快速通关。禄口机场下一步还将探索、研发旅客行李自助托运系统和自助登机等服务项目。 2015年9月10日起，南京禄口国际机场实施部分外国人72小时过境免签政策。这51个国家的公民，只要符合条件，持有本人有效国际旅行证件、第三国签证和72小时内已确定日期及座位的联程机票或者相关证明，前往第三国或地区的，不需要申请中国签证，即可从南京禄口国际机场入境，在江苏省行政区域内活动停留72小时后从南京禄口国际机场出境。
2016年1月30日起，经国务院批准，在江苏省南京航空口岸以及上海各开放口岸、浙江省杭州航空口岸，对51个国家持有效国际旅行证件和144小时内确定日期、座位前往第三国（地区）联程客票的人员，实行过境免办签证政策。过境外国人可选择从上海海、陆、空港口岸或者南京航空口岸、杭州航空口岸任一口岸入境或出境，在上海市、江苏省和浙江省行政区域内免签停留144小时。 2015年9月30日，南京禄口国际机场的文化展厅正式对外开放，国际出发的旅客可以在候机厅内参观到南京博物院中众多文物的仿制品，让旅客最直观了解江苏地域特色文化。该展厅位于国际出发隔离区内，总面积近300平方米。今后该展厅将定期展出各类南京博物院馆藏品，让海内外的旅客在南京机场候机的同时，能欣赏到中国最好的文化产品，丰富出行体验。3至6个月更换一个主题，让南京的字画、工艺品等都能通过展览的形式，让全世界看到。
2016年，禄口机场在服务质量和细节的提升上以及南京地域文化氛围的营造上，继续隆重推出一系列文化大餐，如在机场大厅设置城市微缩景观布展区，分为老南京和现代南京两个部分，将老南京的风光、老南京人的情怀，现代城市地标、现代城市景观，形成一种时空的穿越，将南京的前世今生第一时间直观地传递给旅客；在候机楼内设置山水南京展示区，展示南京主城及郊区的自然景观，给旅客更贴心的游玩指引，同时摆放音乐民俗演奏展示台，将南京的城市音乐、民俗文化展示给旅客。 2016年3月29日，南京禄口国际机场首个综合服务点设立在南京机场宾馆。综合服务点，直接引入禄口机场候机楼部分服务功能，提供值机、航班查询接送等服务；同时提供住宿、餐饮、往返机场的班车等服务，为旅客提供更多选择。
综合服务点使得旅客不用赶到机场，在综合服务点就可以提前办理值机手续，换取登机牌，提前选座位。综合服务点配备同步航班信息显示屏和自助值机，并开设人工值机柜台。在综合服务点换取登机牌后，没有行李托运的话，到了机场可以直接办理安检手续；有行李的话，可以在专门的柜台办理托运。旅客可避免在机场排队。同时，综合服务点提供航班查询等服务，遇到恶劣天气等情况，旅客可在综合服务点查询航班的实时动态，及时调整出行计划。
此外，综合服务点提供往返机场的班车服务，上下客的站点就是南京机场宾馆。旅客在等候机场大巴时，便可查看航班动态，并提前办理值机等手续。综合服务点为南京机场宾馆的住宿旅客，提供免费往返机场、免费停车等服务。 2016年2月，国务院批准在全国13个机场口岸和6个水陆口岸设立进境免税店，其中包括南京禄口国际机场口岸。南京在南京禄口国际机场新增1家口岸进境免税店，居民旅客在口岸进境免税店的消费额度也由5000元增加到8000元。一般商品，在出境免税店购买要比普通商店价格低20%-30%。
旅客在出境免税店购物时，一般要提供本人的有效证件，也就是护照和出境的机票或者登机牌。在信息得到确认后，旅客就可以在出境免税店进行购物了。
此外，在南京禄口机场出境免税店购物的出境旅客，也可以享受一些便捷的服务项目。比如，出境旅客买好了之后，直接寄存在免税店，然后提前和工作人员约定到达时间以及航班信息。等旅客回到机场时，工作人员会将货物送到旅客手中。
