学校根据办学资源分布，设长清校区、无影山校区、威海校区3个校区办学。山东交通学院在美丽的泉城济南有两个校区，分别为长清校区和无影山校区；在威海设立一个校区，为山东交通学院威海校区（山东海运学院）。
山东交通学院长清校区（主校区）
山东交通学院长清校区为主校区，位于济南市长清大学科技园海棠路5001号，长清大学城已经入住包括山东交通学院、山东师范大学、山东艺术学院等十所高校。
山东交通学院夏季高考报名本专科新生、专升本新生均在长清校区报到就读（主校区），部分涉海类专业学生在威海校区就读。
山东交通学院无影山校区
山东交通学院无影山校区为老校区，位于济南市天桥区交校路5号。无影山校区历史悠久，为山东交通学院前身——济南交通高等专科学校所在地。
无影山校区在校生包括春季高考（仅山东考生，外省均为夏季高考）、“3+2”对口贯通分段培养、“3+4”对口贯通分段培养等专业的学生。此校区还承担二手车评估师、教练员考试培训等社会性考试和培训，也是多所社会性培训机构的所在地。
山东交通学院汽车博物馆、山东交通学院生态图书馆以及附属产业山东交通科技园发展有限公司、山交教育培训中心、山东交通学院机械厂、济南北方交通工程咨询监理有限公司、山东交院机动车检测维修中心、山东交通学院交通司法鉴定中心、山东交院旧机动车鉴定评估有限责任公司等也位于此校区。
山东交通学院威海校区
山东交通学院威海校区座落在被联合国誉为"最适合人类居住的城市之一"的美丽海滨小城——威海市，与刘公岛隔海相望。校区地址位于威海市新威路115号，前身为山东省水运学校。2013年，山东交通学院设立威海校区，命名山东海运学院，由省教育厅、省交通运输厅和威海市共管。
截至2015年，威海校区包括山东交通学院海运学院一个二级学院。包括航海技术、轮机工程、船舶电子电气工程（以上三个本科专业第一年在济南长清校区海运学院新生部，第二年转去威海海运学院）、海事管理、航海技术、轮机工程技术、港口机械技术（以上一个本科三个专科专业直接在威海海运学院报到就读）。
威海新校区位于双岛湾科技城，总占地约1000亩，分东西两个校区，目前海运学院迁建项目中主体工程已经完成。新校区计划于2016年暑假投入使用，预计海运学院及济南校区的部分专业就可以搬迁入驻新校区，一期工程将达到3000人规模。
山东交通学院威海校区未来将设置包括海运学院、船舶学院、航空学院、港航学院、航政管理学院五个二级学院及一个水上运动训练中心，此校区将成为山东省海运、航空专业人才培养基地。
