(1)商业模式缺乏创新
目前，我国电子商务处于对传统商业模式和国外经营模式的抄袭、模仿的水平上，很少有结合我国国情的创新模式。从理论上讲，与传统商务对比，电子商务具有很多优越性。但由于各种原因，网站的爆炸式增长与网站的"烧钱式"亏损形成了巨大的反差。据有关人士分析，电子商务理论上可以节省76.59％的交易费用，但实际上在中国只节省了11．61％的交易费用。在近几年的电子商务热中，我国出现了不少电子商务网站，但大部分电子商务网站走的是"大肆炒作、吸引公众、争取广告、上市圈钱"这样一条路子，由于网上交易量太少，其收入不足以维持日常的运转，大多数网站不得不依靠外来资金的不断投入，因此，2000年下半年以来，在美国纳斯达克指数迅速下降的影响下，我国不少互联网企业出现了生存危机，裁员、倒闭接踵而至。在深刻的教训面前，网络公司要重新考虑自身定位，回归到"以利润为中心"的轨道上。
(2)企业信息化水平很低
企业信息化与电子商务是密不可分的，企业信息化是开展电子商务的基础。企业信息化落后严重制约着电子商务在我国的发展。企业作为电子商务的主体，业务流程和管理过程的信息化是企业开展电子商务的必要前提。目前我国已经上网的企业不到企业总数的1%，在15000家左右国有大中型企业中，大约有10％左右的企业基本上实现了企业信息化，大约有70％左右的企业拥有一定的信息手段或着手向实现企业信息化的方向努力，大约有20％的企业只有少量的计算机。目前在国家工商局注册登记的1000万家左右中小企业中，只有大约百分之几的企业拥有一定的现代化信息手段。
(3)社会信用体系没有形成
在市场经济中，良好的信用对于一个企业的作用是无庸讳言的，可以给企业带来稳定的供应商和客户群以及随之而来的各种额外收益。但是在我国信用体系还没有建立和完善的情况下，企业不讲信用比讲信用经常获利更多。在经济转型过程中，中国的社会化信用体系很不健全，信用心理不健康。交易行为缺乏必要的自律和严厉的社会监督。在网上交易中，如何保护企业的商务秘密?如何确定交易双方的真实身份和可靠性?如何保证交易达成后的不可否认性和不可修改性?如何保证网上支付的安全?网上交易发生纠纷怎么办?如何取得满意的售后服务?等。这些令人担忧的问题没有得到很好地解决在很大程度上影响了我国企业和消费者对电子商务的信心和热情。
(4)电子商务高级人才匮乏
电子商务发展的人才资源尚显不足。电子商务是信息化与传统商务的有机结合，需要大量既掌握现代信息技术又精通现代商贸理论与实务的复合型人才。一个国家、一个地区能否培养出大批这样的复合人才就成为该国、该地区发展电子商务的最关键因素。虽然清华大学、浙江大学等高校开始专门培养电子商务专业人才，但目前而言，具有创新思维的电子商务理论、规划与管理的人才奇缺，人才匮乏是电子商务发展的又一难题。电子商务是一个跨学科的领域，涉及到计算机、经济、管理、法律等各个方面。电子商务人才实际上是一种复合型人才，目前社会上的电子商务培训班，在教学过程中"重电子轻商务"或者"重商务轻电子"。即使能够两头兼顾，也多是一种简单机械的拼凑组合，没有按照这门课程本身的内在规律和实际需求来进行科学系统的设计。以这样的电子商务的教学水平，要培养一批既懂电子商务技术，又有金融、商贸、物流等知识的跨领域的专门人才、复合人才，存在很大难度。另外，目前国内电子商务的教育和培训还缺乏统一的管理和规范。
(5)电子商务政策法规很不健全
在宏观层面上，政策法规不健全、标准不统一以及商务实践的盲目性等显示我国电子商务发展缺乏统一的指导方针、发展规划和实施战略。电子商务是一项复杂的系统工程。它不仅涉及参加交易的双方，而且涉及不同地区、不同国家的工商管理、海关、保险、税收、银行等部门。这就需要有统一的法律和政策框架以及强有力的跨地区、跨部门的综合协调机构。现行管理体制基本上是计划经济时代的产物，集中表现为条块分割、设置不合理、协调不够、办事效率低下、对新经济适应性较差。虽然，近年来中国已经出台了一些有关政策法规，但总体来看，还是很不健全的，目前针对电子商务的专门立法还是空缺，尤其是在跨国家、跨地区、跨部门协调方面存在不少问题，如国家计委、商务部、信息产业部等政府部门均出台了有关促进电子商务发展的政策报告，但由于侧重点不同且缺乏相互之间的协调，显得政出多门，难以落实。
(6)电子商务支撑体系还不完善
第一，适应于电子商务的信息基础设施还不完善。近年来，我国的信息基础设施建设进展顺利，成绩显著，在沿海地区的经济发达省市尤为瞩目。但从整体水平和电子商务的要求看，无论是网络技术、网络管理、资费水平、网络速度、网络安全等各个方面都存在较大差距，现有网络建设的整体规划和统一指导不够，存在各自为政、重复建设的弊端。
第二，适应于电子商务的物流配送体系还不完善。实施电子商务的重要条件是完善而富有效率的物流体系，我国在此方面还有很大的发展余地。即使在电子商务高度发达的条件下，单纯依靠网络也无法完成商务活动的全过程。这是因为相当一部分实物商品必须借助于其他运输工具送到企业或消费者手中，才能满足企业和消费者的需求。发达国家的物流配送体系社会化程度高，从事电子商务的企业可以将配送任务交给专门从事快递业务的企业去完成，既安全快捷，费用也比较低廉。在我国，目前物流配送体系尚不完善，快递业务尚未充分开展。不少从事电子商务的企业不得不自办快递业务，不仅无法覆盖较为广阔的区域，而且费用较高，商品配送所花费的时间较长，影响企业效益和消费者网上购物的意欲。
第三，适应于电子商务的金融支付体系还不完善。电子商务的支付与结算需要电子化金融体系的密切配合。目前我国金融服务极其电子化水平比较落后，跨区域、跨银行的电子支付系统还未建立，网上支付、结算等问题很大程度上阻碍了我国电子商务发展的进程。目前绝大部分的电子商务只能做到"在线浏览，离线交易"，无法进行"网上支付"，这对于发展电子商务是非常不利的。改变传统的支付方式，实现真正的网上支付，不仅是中国电子商务发展的关键，也是企业的迫切需求。
第四，适应于电子商务的信息安全体系还不完善。由于电子数据具有无形化的特征，电子商务的运作涉及多方面的安全问题，如资金安全、信息安全、商业秘密等。它要求电子商务比传统的有纸贸易更安全、更可靠。而目前网上安全技术及其认证机制均不完善，这也是普通消费者对电子商务持观望态度的重要原因。虽然计算机专家在网上银行的安全问题上下了很大功夫，采用了多种措施，然而，网络黑客的攻击仍然使专家们心疼不已。安全问题仍旧是电子商务活动中的关键。这个问题直接关系到电子交易各方的利益，由于种种风险的存在，各方当事人对在网上从事电子交易总不免心存疑虑。同时，网上交易所能带来的巨大机遇和丰厚利润也无时无刻不在吸引着那些喜欢冒险的网络入侵者，买方、卖方、银行都必须承担来自外部的风险。
从中国目前电子商务发展的现实情况来看，网络结构复杂，不同行业、不同网络之间不能互联互通，各种资源难以充分共享，网络应用落后于网络技术的高速发展，传统企业难以适从信息技术的快速发展。因此，要走有中国特色的电子商务发展道路，在"应用主导，面向市场；网络共建，资源共享；技术创新，竞争开放"的指导方针的指引下，制定符合中国国情的电子商务发展框架，规划中国电子商务整体战略和实施措施；建立符合国际规范的信息交换技术标准和规范，自主研究开发电子商务相关技术和产品；建立、健全相关法律和法规，为中国电子商务的跨越式发展提供一个良好的产业环境，全面、积极、快速地推进中国电子商务产业化发展。
(1)联合政府和企业的力量
电子商务是一项宏大的系统工程，必须联合政府和企业的力量，从整体上推动电子商务发展。充分发挥企业主体，强化政府宏观规划、指导和市场监管，积极创造有利于电子商务发展的外部环境。要充分发挥政府的宏观规划和指导作用，加强政府有关部门之间的相互协调，保障电子商务有关政策、法规和标准的连续性和一致性，为电子商务创造良好的、宽松的经营环境，同时又要避免由于过度的行政干预而阻碍电子商务的发展。由于企业是电子商务的参与主体，必须根据本地区、本行业、本企业的实际情况采取多样化、多层次和多模式的电子商务发展战略，改造传统的业务流程，增强企业的竞争力，同时实现传统产业的改造和升级。
(2)总体规划、分步实施
目前我国尚处于电子商务发展的初期，推动电子商务困难很多，齐头并进不现实，所以在具体实施上应分步进行。首先，在一些管理和经营的特点比较适合电子商务发挥长处的领域中推行电子商务，例如银行、民航、证券、外贸、零售、软件、图书等。在这些领域获得成功、取得经验的基础上再去带动其它的领域。对那些经济比较发达、信息化程度相对较高、对电子商务有需求和有效益的地区，特别是一些有条件的沿海省市以及内地的少数省会城市和中心城市应不失时机地发展各种方式的电子商务，发挥其示范效应，以便向其他地区推广普及。在电子商务和传统商务的结合中逐步扩大电子商务比重，电子商务解决不了的问题先由传统商务解决，这样电子商务的起步和发展将会容易一些。
(3)建立电子商务发展的支撑体系
以国家CA认证中心为基础，尽快建立起安全、可靠、先进的计算机信用网络平台，积极推行网上企业信用查询，强化网上企业信誉；积极发展现代物流系统，鼓励企业多渠道筹集资金，因地制宜，加快建设企业物流网络体系，引进国外先进物流技术和装备，鼓励国内企业与国外、境外物流企业开展各种形式的合资合作，积极发展第三方物流；大力发展各类电子支付和结算工具，鼓励和引导各类银行、工商企业和消费者使用银行卡、电子账户、电子钱包等支付和结算工具，大力推进网上银行业务。
(4)大力推动企业信息化进程
企业信息化的程度对电子商务的发展有很大影响，政府要为企业信息化做好组织工作，制定好发展规划。目前计算机信息网络发展很快，但重复建设、资源浪费严重。进一步探索信息化发展规律是须认真对待的问题。电子商务发展速度超乎我们的想象。这就是新经济，而新经济的核心就是电子商务。要想建立电子商务就先要打破传统的模式。谁抓住时机，谁就是真正的赢家。在经济全球化的趋势的影响，随着国外资金及先进技术的不断涌入，中国企业要扎扎实实地做工作，找到自己的赢利模式，传统企业模式和现在的网络新经济结合起来，提高企业电子商务应用层次，在未来的一两年内中国企业的信息化水平就一定会有大幅度的提高和增长。
(5)努力营造有利于电子商务发展的外部环境
各有关部门要密切配合，通力合作，深入实际，调查研究，采取切实有效的政策措施，加快本地、本系统电子商务的发展。同时尽快制定发展电子商务的地方法规或行政规章，为电子商务的健康发展提供法制保障。应大力扶持社会化、专业化经营的电子商务第三方服务体系。发达的第三方服务体系不仅可以为中小企业电子商务系统的实际应用提供稳定和强有力的支持，还可以创造新的就业机会。
(6)发展公用电子商务平台
目前企业通过信息化提高竞争力道路上面临着重重困难：企业之间实际情况差距很大，对新经济环境下的信息化化改造认识不一致，实施能力相差悬殊。有些企业花大力气进行信息化改造，但由于关联企业信息化程度的制约，成效并不明显，甚至造成其它企业对信息化进程顾虑重重；有的企业虽然有能力建造本行业的电子商务平台，但却无力推动全行业，更不用说其它行业的发展；现有的电子商务平台运营商不能针对本地区的特点，强化本地区产品的推广。本地区最有电子商务需求的企业看不到实际利益，不能有效地全面推动本地区企业的电子商务进程。建立由当地政府推动和扶持的本地区公用电子商务平台是及时有效解决上述问题的直接方案，而且也是新经济时代政府功能更有效更积极的发挥。
