基本上化学消毒剂的作用机理是：作用于微生物的蛋白质、酶或其它活性基团并使之变性，失去生物活性；或是改变微生物细胞膜的渗透性，干扰其正常的生命活动，从而起到抑制微生物繁殖或杀灭微生物的作用。
常用的化学消毒剂，比如医用酒精，次氯酸钠和二氧化氯，双氧水和其它的过氧化物，这些物质具有强氧化性或对蛋白质（或其它生物大分子）具有毒性，可以使微生物的蛋白质变性失活；熏蒸剂比如甲醛蒸气，可使微生物蛋白质烷基化而变性失活。此外还有臭氧、高锰酸钾、碘剂、季铵盐等。
如何使用看用在什么地方了。不同的应用场合有不同的使用方法的。
